波頓友台 鼓吹美國修正一中政策打「台灣牌」
波頓對台立場向來友善，曾於2009年訪台，會見時任總統馬英九。2016年，波頓更投書《華爾街日報》（Wall Street Journal），稱美國可以打「台灣牌」，藉由改變甚至拋棄美國模糊的「一個中國」政策，對抗中國在南海、東海等地擴張政治、軍事力量的野心。
波頓曾進一步建議，美國應該恢復與台灣的邦交，讓台灣重返聯合國，更可以將目前駐防日本沖繩的美軍移防至台灣，解決駐日美軍常被當地居民抗議的問題。《外交政策》（Foreign Policy）則稱波頓是「台灣自決的發聲者」。
美國智庫戰略與國際研究中心中國權力計畫主任（CSIS China Power Project Director）葛萊儀（Bonnie Glaser）向美國之音（VOA）表示：「波頓聲稱他會將個人政策偏好放一邊，執行川普的政策。但若他沒有推動自己的政策主張，像是更替北韓政權，增進與台灣的關係，我會感到很驚訝。」
學者憂心川金會恐因波頓破局
儘管波頓上台可能增進美台關係，他先前提倡對北韓先制攻擊的強硬立場，卻可能增添川金會破局的風險。現任世界經濟論壇國家安全策略部主任的南韓學者南勝昱（Nam Sung-Wook）就憂心，川金會可能因為波頓上任，無法成真，「川金會前有段崎嶇的路要走」。
日本政策研究大學院大學（GRIPS）的教授道下德成則對《路透》表示，波頓的問題出在「他沒有任何彈性」。道下德成也認為，波頓強硬的立場可能阻礙美國與北韓談判。
Scary turn of event https://t.co/wEuYGqlQKB
— 道下徳成 N.Michishita (@NaruMichishita) 2018年3月23日
中美關係惡化 中國學者：激發中國增強硬實力
川普任命親台的波頓，再加上對中國進口商品課徵懲罰性關稅的舉措，讓中國學者看淡中美關係未來發展，中國人民大學國際關係學院美國研究主任時殷弘就說，中國更不可能與美國在安全事務上合作了。「川普與習近平曾公開宣示要合作，但兩國在貿易、安全合作上的負面走向，讓這些談話愈來愈空洞了。」
中國清華－卡內基全球政策中心研究員、北韓核問題專家趙通則批評，波頓曾要求中國促使北韓政權更替，更稱要讓南韓政府統一韓國，相當不切實際。趙通表示，「波頓對戰略安全議題的看法，只會強化中國提升硬實力（Hard Power）的信念。」
A U.S. war with Iran and North Korea is more likely with Bolton running national security https://t.co/rwb3YNIZTK pic.twitter.com/ZwXFTzBj2l
— Newsweek (@Newsweek) 2018年3月24日
波頓主張廢除伊朗核協議，對伊朗強硬的態度，也讓歐洲國家感到緊張，一名歐洲外交官就向《路透》表示：「白宮外交政策的穩健因子正逐漸失去，我們原本期待『白宮裡面的大人』能戰勝川普決策，但大人離開了。」智庫大西洋理事會資深研究員阿峰內（Ali Alfoneh）更表示：「川普選擇了戰爭內閣」。
