周刊報導，促轉會去年約談多人釐清白色恐怖時期情治單位監控對象，其中，當時為台大農推系學生的現任台南市長黃偉哲，大一時被教官吸收、當了3年國民黨線民，直到參與520農運遭警方暴打後拒絕配合，此後反被列為監控對。對此，黃偉哲19日嚴正否認曾是線民，「任何惡意藉此操作的不實攻擊，都將委由律師提出告訴。」
根據《鏡週刊》報導，黃偉哲在大一時就被教官盯上，要求回報社團活動直到大三，相關單位以「誤餐費」名義讓他支領每次約1、2000元報酬，領據至今仍保留在促轉會卷證中，相關單位對其考評記載「表面上服從，但實際上很狡滑」。不過，黃偉哲在參加520農運遭警方暴打後，開始拒絕配合，從大四到退伍擔任國會助理期間，反被列為監控對象。
針對周刊爆出黃偉哲曾是線民一事，黃偉哲今天上午在臉書發文表示，當年黨國威權的巨獸，綿密布建在校園的每一個角落，「包括我在內的學運幹部，在若干年後才發現：當年沒有印象的閒聊，竟然被情治單位加油添醋，變成他們領取功獎酬勞的報告，難怪威權時期有許多的冤錯假案。」
黃偉哲表示，情治單位和教官會想方設法接近異議分子，「但是無論他們採取任何威脅利誘的手段，我從來沒有出賣過同志。」他強調，自己沒有做過線民，也不曾配合威權特務的作為，「況且轉型正義何其慎重，任何惡意藉此操作的不實攻擊，都將委由律師提出告訴。」
黃偉哲也喊話，「有人利用虛假的特務報告，進行政治鬥爭，延續黨國威權的幽靈」、「市政做得好不好？請直球對決，市民自有評斷；不必以刻意的模糊打擊我，因為我光明磊落，禁得起考驗。」
促轉會發出聲明，證實曾約談黃偉哲，但表示周刊報導內容有細節上的錯誤。總統府19日也表態，支持黃偉哲捍衛自己清白。
總統府發言人張惇涵表示，黃偉哲稍早已有公開說明，支持黃偉哲勇於捍衛自己清白，實際上就30年前監控者的檔案來做評論或描述，都有失偏頗，也無法還原加害者的結構，這是要繼續努力的地方。
