「高雄事件」發生後，當局即逮捕《美麗島》雜誌社核心參與者，許瑞浩從檔案看到的是，偵訊的場地、人員、原則及方向等早就安排妥當，與全台大逮捕行動一樣是「謀定後動」，警總和警局人員顯然有預設立場的引導式問話，尤其希望參與者供承是「事先有周詳籌畫與充分準備」、且「早已決定運用暴力手段達成目的」、是「有預謀的暴力事件叛亂案」──這也可見，當局處理美麗島事件是有「預謀」的，模式與1960年雷震案如出一轍。
當局處理美麗島事件之縝密，也包括事件後處置，包括監控涉案者、家屬及內線，對受難者在獄中串聯拒食一事亦有詳細記載討論，對社會輿論亦有華冠專案小組與王復國辦公室進行之所謂「澄清與導正思想工作」。
許瑞浩結論，美麗島並非當局所謂「預謀暴力叛亂」，反而是當局「預謀鎮壓法辦」，從檔案可見「法律問題政治處理」的狀況、情治機關運用線民和黑道的模式、威權政府處理重大政治案件的模式。
蔣經國日記碎唸「選舉勞民傷財」 美麗島事件從抓人到審判見證「威權體制暴力最高峰」
就台大歷史系教授陳翠蓮所見，檔案中的監控情資包括《美麗島》雜誌社人事異動、經費與銷售狀況、雜誌平面圖，而事後逮捕佈置審判過程、事後媒體宣傳控制等資料也比以往更完備，也可從檔案看見一些重要訊息。
統治當局為何對《美麗島》發動逮捕，陳翠蓮說，這跟情治機關分析報告可能有關聯。1979年8月份，情治機關便出現「陰謀份子試圖籌組反對黨有關狀況研析」，那年《美麗島》7月才正要出雜誌、情治機關8月就提出這樣的分析報告，當局認為《美麗島》之中的施明德、許信良要組黨，以雜誌社為雛形在各地擴張勢力。
9月份，情治機關更端出更詳細的分析報告「出刊後陰謀動向分析」，陳翠蓮說：「這次他們很確定，說這些人以雜誌社作為黨外總部、想組新政黨，這些人要在各地發展組織做好紮根、爭取群眾基礎、拉攏不滿份子工農大眾學生青年，以雜誌社論述做文化鬥爭，從事『政治污染』──從這些報告可以看到，當局決定出手（逮捕）原因跟這相關。」
整體來說，陳翠蓮稱許國史館《美麗島事件史料彙編》內容之豐富，但陳翠蓮也說「覺得還是缺了一大塊」，雖說檔案能呈現所謂「情治機關解剖圖」，但只看見手與腳（情治機關）的運作、看不見「頭」（決策者意向），也因此陳翠蓮透過其他史料捕捉蔣經國對黨外運動態度，更充分可見美麗島事件中當局的「預謀鎮壓」。
就《蔣經國日記》，1977年中壢事件後，蔣經國對黨外運動戒心越來越高，「他反對民，說『難道選舉才是民主嗎』、『選舉勞民傷財，又不能不辦』……」蔣經國更寫到，中壢事件是「國民黨的失敗」、「不利黨國的危機」，地方選舉挫敗打擊對蔣經國來說是深痛難忘、奇恥大辱；到1978年又有選舉，就國史館檔案呈現之國安局報告，當情治單位指出「黨外人士要用1978年選舉成立反對黨」，蔣經國也明確表示「反台獨」。
