無怪乎立刻有一群博士生發起「捍衛學術自由•反對閱覽新制」網路連署，約400名國內外學者教授、教師、學生與民眾加入連署。對於這個希望蔡總統能夠聽到的聲音，吳館長以「依法行政」還有搬出《檔案法》及《政府資訊公開法》來回應，前者是對借閱資格不設限的，馬執政時期就是依此辦理，讓國內外學者可以自由借閱；後者則是針對外國人借閱時，強調「必須是該國未限制中華民國國民申請資訊者」，民進黨在一上台就採取從嚴借閱的規定。當然引來的就是打壓學術自由的不滿聲音，只是吳館長似乎完全服從總統的指示，這個模式好像在教長潘文忠身上也可以看見。
事實上，開放資料原本就是要供社會大眾參考，國史館既有珍貴的國史資料，又分批數位化，讓吳館長引以為傲的就是國史館從2016年8月起開放檔案之數位檔後，至2017年底已有超過280萬頁檔案提供線上閱覽，2018年1月5日起再結合台灣文獻館949萬頁檔案，合計共1229萬頁，均提供數位檔免費下載功能，對於跨國、跨區域的使用者提供便利取得檔案資料的管道。只是既然能夠透過網際網路來開放國史資料，何以對於借閱的資格還要從嚴限制？
還有從網上試著點入國史館案文物查詢系統，有些資料還是會出現「請於本館台北閱覽室開放時間內到館閱覽數位檔」，這樣的設限，對於有興趣研究國史的國內外人士，基本上就是困擾，更甭提「透過反覆的比對、驗證及討論，我們可以更加貼近歷史事實，也可以對中華民國的歷史，產生更多元的歷史解釋。」所謂「開放資料」到這裡還是做了數位化半套，至於開放或借閱還是得預約或到館閱讀，而能否順利借閱得到，顯然還是得看「依法行政」的國史館來核定了！
再者，小英所交代國史館新任務之二----「轉型正義」，小英總統強調，「轉型正義奠基於真相，而真相建立在檔案之上」，因此，國史館與檔案局等典藏政府檔案機關兼負重責大任，而她的執政團隊就是會持續推動檔案解密工作，讓檔案徵集與應用的相關作業更順利進行。讓資料解密進而還原真相，顯然是現今國史館最重要的工作重點。
總體來看，小英團隊口中的「轉型正義」的核心還是228事件，在紀念228事件70周年吳密察在接受媒體專訪時就表示：「228事件是整個台灣社會都必須面對的問題，譬如大家講『省籍情結』，有人一輩子對國民黨不能諒解，『最重要的原因就是228』，而大家對228真相的要求，也不盡相同。」為落實轉型正義，吳館長表示「從政府來說，要做的第一件事，就是應該充分地公開檔案」。因為台灣社會對於228真相要求不同，在相關檔案又未完整蒐集，國史館就「全心全意」地在朝整套轉型正義的史觀前進。
