新任教育部長吳茂昆爭議不斷，昨被爆出以東華大學的研究專利在美國開設公司後，今（24）日又被國民黨立委柯志恩爆料，吳自稱政治因素無法在中國大陸使用「國立東華大學」，才在美申請PCT專利合作條約，一次涵蓋多國，但事實上，申請國際專利的同一天，吳也向大陸送案，甚至在申請書上寫下「中國台灣地區」。
吳茂昆昨聲明表示，為避免各國專利申請費，因而在美申請PCT專利合作條約，亦即申請通過的專利，就可涵蓋包括美、日、中、歐盟，而不必個別國家申請。但台灣並非該國際組織會員國，必須透過大陸申請，「這是我不能接受的」，因此，他才決定在美成立一間公司，單純是為申請專利的目的。
不過，柯志恩則打臉吳茂昆，她上午召開記者會，出示吳當時的申請書表示，吳說要去大陸申請有重重困難，才透過美公司申請，但他送國際專利案的同一天，也送了大陸的案子，申請日期都是2015年9月2日。
柯志恩批評，吳茂昆稱因政治因素無法在大陸用「國立東華大學」，因而改以個人名義申請專利，事實上，吳應先獲得學校同意技轉再向陸申請，但他沒有，卻仍用美公司申請，並在自寫文件中的「交叉引用」部份，使用「中國台灣地區」字眼，「部長說的冠冕堂皇，但為了前進大陸，還真是委屈您了！」
