教育部今（27）日宣布，以台大校長遴選有重大利益未迴避的適法疑慮，無法接受遴選結果，駁回管中閔當選台大校長案，必須所有被推薦人重新回到「資格初審」的程序。台大校長遴選委員會發聲明回應，政治力介入拖延新校長上任，導致台大校務延宕，戕害大學自治，所有記錄將在高教歷史上永遠留存。
重大行政瑕疵指控 完全無法接受
台大遴委會在聲明中強調，校長遴選委員會在遴選過程中，依法行事，克盡職責，戒慎遵守各項「迴避原則」及「利益衝突」規範，對於他人所加諸本委員會之「重大行政瑕疵」指控，完全無法接受，並深表遺憾。
台大遴委會認為，根據《台大校長遴選委員會作業細則》第9條迴避規定，遴委會原訂草案為「⋯或有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞者，候選人得向本會舉其原因及事實，或由本會委員主動提議，經本會議決後，解除委員職務」。經教育部發函指示，上述草案中的「或由本會委員主動提議」等字與規定不符應予刪除。教育部之指示使本會遴選委員不具有請求其他委員迴避之機制，如今教育部指控本會違反迴避原則而有行政瑕疵，本會實不明白其道理何在？
台大遴委會表示，遴選委員會由21名委員組成，其中學校代表9名，校友代表及社會公正人士9名，其餘3名由教育部指派。委員會自成立以來，共召開5次會議（其中第五次會議係於今年1月31日依教育部要求而加開）。其間依法完成「公開徵求接受推薦」、「舉辦公聽會」、「訪談候選人之相關人士」、「舉辦治校理念説明會」及「辦理候選人面談」，於1月5日經由兩輪投票，選出管中閔教授為校長當選人，並於1月31日加開之第五次會議中再次確認「遴選過程並無疑義」。
關鍵的利益迴避爭議，台大遴委會解釋，台大遴選委員會作業細則第九條規定如下：「有下列情形之一者，經本會確認後，解除其職務：(1).因故無法參與遴選作業。(2).與候選人有配偶、三親等內之血親或姻親或曾有此關係者。(3).有學位論文指導之師生關係。本會委員有前項不得擔任委員之事由而繼續擔任，或有具體事實足認其執行職務有偏頗之虞者，候選人得向本會舉其原因及事實，經本會議決後，解除委員職務。」
蔡明興資格 無任何候選人要求解除
台大遴委會說，但是在遴選程序中，並無任何候選人向本會請求解除蔡明興遴選委員職務，蔡明興亦不符合上述3種應當然解除職務之事由，因此蔡明興擔任遴選委員之資格並無問題。教育部指派之3位遴選委員有充份之機會參與遴選過程並表達意見，足見遴選程序並無疑義。
