國立大學校院協會針對教育部強行拔管中閔一案發表聲明後，私立大學院校協進會也跟進發表聲明稿，對於教育部無法尊重大學自治，且毫不避諱以政治決定凌駕專業決定之違法疑慮表示遺憾，更表態「台大校長遴選案的負面發展，為大學自治有史以來最黑暗的時刻。」
教育部因管中閔涉嫌兼職違法的疑慮，27日正式駁回台大校長遴選結果，並要求台大方應回到校長推薦候選人初審階段，也因此舉引發了眾多方的不滿。
聲明表示：「教育部的職責則是就遴選委員會選定的人選完成「聘任」程序，這也是大學法第9條第1項界定的大學自治重要內涵之一」、「除非有明顯之重大違法情事，否則，連司法機關都必須選擇尊重，不得任意推翻」，堅決強調大學自治之重要性。
私立大學校院協進會聲明全文如下：
大學自治是憲法保障學術自由的核心價值，公私立大學校長的遴選，則是大學法第9條明白揭示的大學自治事項。教育部依據該條第3項制定有「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」，臺灣大學據以訂定其「校長遴選委員會組織及運作要點」。因此，教育部對臺灣大學校長遴選事項的監督，必須依據前述法令規定為之，否則就是違法、違憲，不是民主法治社會應有的亂象。
前述教育部和臺灣大學訂定的大學長遴選規範，均明確指出校長候選人資格之審核及最後人選之決定，屬於校長遴選委員會的任務，教育部的職責則是就遴選委員會選定的人選完成「聘任」程序，這也是大學法第9條第1項界定的大學自治重要內涵之一。
教育部對大學之監督，應於法律規定範圍內為之，並須符合大學自治原則，此乃大法官釋字第380號、第450號等解釋一再揭櫫的憲政法治意旨。有關臺大校長候選人資格及特定遴選委員應否迴避的爭議，業經合法組成且包括三位教育部指派代表在內的遴選委員會多次開會討論審議，確認沒有疑義。類似涉及學術自由的專業決定，除非有明顯之重大違法情事，否則，連司法機關都必須選擇尊重，不得任意推翻，遑論職司大學監督的行政機關。
遺憾的是，教育部竟然毫不避諱以政治決定凌駕專業決定之違法疑慮，將臺大校長遴選委員會歷經五次開會討論的決議，交由相關部會政務官組成的跨部會專案諮詢小組，進行欠缺法律依據的實質審查，兼為該部預設的駁回決定背書。臺灣大學固然是國立大學，惟校長遴選涉及的是公、私立共通的大學自治事項，私立大學對執政者同樣有所期待，自不能置身事外。
臺大校長遴選爭議的負面發展，是大學自治有史以來最黑暗的時刻。本會對於教育部就本案未能依法行政、不尊重大學自主的舉措，實難認同，特聲明如上。
