教育部正式駁回管中閔任台大校長遴選案，此舉引發了國立大學校院協會不滿，今（29）稍早經過近2個小時的討論後，國立大學校院協進會秘書長李俊璋發出聲明表示，應尊重大學的自治精神，政府部門不應干涉遴選結果。
國立大學校院協會：現行制度應受到尊重
國立大學校院協會對於政府干預遴選，發表了以下聲明：
一、大學是社會公共財，有其獨立性，需要與當前社會和政治保持適當分野。國立大學校長遴選委員會，由各大學獨立推選五分之四的委員，並與政府代表共同組成，來自大學外部的委員比例超過校內委員，顯示委員會並非屬於學校。遴選委員會係獲得大學完全授權的社會公器進行校長遴選。遴選委員會決定人選後，依大學法送至主管機關聘任，完成遴選程序。
二、基於大學自治精神，政府不應干預遴選結果。依大法官解釋，大學自治屬於憲法第十一條講學自由之保障範圍。此外，大法官釋字 380 號解釋文明示：「 國家對於大學自治之監督，應於法律規定範圍內為之，並須符合憲法第二十三條規定之法律保留原則。」釋字 450 號解釋文：「國家對大學之監督除應以法律明定外，其訂定亦應符合大學自治之原則。」
目前「國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法」如有未盡之處，應與時俱進予以修訂，但現行制度仍應受到尊重。
教育部：大學校長的遴選需要接受高標準的道德檢視
教育部對於「拔管」行為表示，國立大學受納稅人的委託，教育年輕人要成為具有全人人格及專業技能的國家棟樑，而校長則是重要的領航人，因此，大學校長的遴選，自然也需要接受高標準的道德檢視。
經管中閔早前兼職一案的傳出，教育部因此認定：「遴委會委員及被推薦人有經濟法律上重大利益未迴避的適法疑慮，台大亦未善盡幕僚單位應有之責任」，進而正式要求台大校長遴選將回溯至候選人推薦的初選階段，若在合乎規定的情況下管中閔仍當選，將正式允以聘任。
對此管中閔也痛批，教育部不願尊重台大方的調查和第三方的函覆說明，卻以司法官自居否定遴選結果，還未審即判有違法的嫌疑，管中閔更聲明強調：「我將和台大師生站在一起，面對威權，絕不妥協」。
