中央疫情指揮中心12日宣布，為方便民眾領藥，開放確診者親友到「配賦醫院」防疫門診掛號，代為看診評估領取口服抗病毒藥物。對此，台北市長柯文哲表示，中央若仍堅持要PCR後才給抗病毒藥物，「我直接告訴你，一定會死很多人」，更指出，儘管每個醫生都知道該怎麼做，但台灣醫界還是被健保局控制。
柯文哲12日前往聯醫忠孝院區視察，針對新北市長侯友宜喊話中央簡化確診流程，柯文哲也認同表示，如果涉及保險、法律文件，也許需要PCR證明，但如果只是領藥之類的，快篩陽就應能領用新冠口服藥，大概不會有人會騙醫生說要吃抗病毒藥物，因為這也不是什麼保健食品、補藥。
柯文哲建議，用分流方式處理，臨床只要快篩陽就確認，要法律文件再進行PCR即可。他也提到，中央政策若堅持PCR後才能給抗病毒藥物，「一定會死很多人」。柯文哲指出，即使是現在這種緊急狀況，台灣醫界還是被健保局給控制住；因此每個醫生都知道該怎麼做，但錢該怎麼處理？這真的沒辦法。
而台大兒童醫院主治醫師李秉穎日前預估，疫情高峰在6月初，與柯文哲預估的5月16至23日有出入。柯文哲回應，原先預估台北市的高峰會在5月16至23日；然而現在看起來，由於民眾已經減少外出活動，高峰已經往5月23日移動。柯文哲表示，若以全台灣來看的話，李秉穎是對的，但「看雙北的話我是對的」。
