延宕多時的行政院組改方案，爭議最多的國家公園、水利署、林務局、原能會等機構何去何從問題，今（3）日終於在行政院會正式拍板，其中，水利署繼續保留水力開發與整治與水資源保護，但地下水、溫泉水業務將移到環資部；農委會林務局將縮編為林產司，僅保留實質林業生產業務，其餘部分則畫入環資部森林及自然保育署；內政部營建署下轄國家公園，在國土三法通過後，繼續留在內政部，但營建署改名為國土管理署，國家公園業務則另行成立國家公園署。
人事行政總處人事長施能傑表示，行政院組織改造，基於提升政府組織效能，將37個部會改成29部會，今天公布內政部、經濟及能源部、環資部、交通及建設部、農業部，可以說是行政院組改最後一塊拼圖，目前有六個部會還沒有完成立法。
人事行政總處人事長施能傑:組改絕不會愈減愈肥
施能傑表示，政府推動組改目的，就是要控制行政院組織規模，在完成組改之後，包括各部會下轄三級機關在內，也將合理管控，符合外界所期待，政府控制組織規模的想法，絕對不會「愈減愈肥」，事實上，行政院組改過程，公務人員總數都控制在相同額度，並沒有增加，某種程度上，中央政府的員額反而因為六都升格，帶動地方員額增加，導致部分員額減少。
這次組改，環資部因為將吸納森林、水資源保護、氣象等業務，在改組過程最受外界關注，行政院院會今天也確認，未來交通部中央氣象局、農委會福山植物園等國家森林遊樂區、經濟部水利署下轄的地下水與溫泉業務，組改後都將併入環資部。氣象局將改制「中央氣象署」，水資源保護部分將成立「水資源保育署」，森林遊樂區與農委會特有生物研究保育中心，將合併為「生物多樣性及森林保育所」。
李應元：環資部人力編制仍輸國防部、內政部
針對環資部未來整併森林、水資源、氣象業務，李應元表示，2009年莫拉克風災導致高雄小林村400多名村民一夕滅村事件，顯示出台灣面對極端氣候與溫室氣體效應，在政府組織上應該有新的作為，環資部雖然被形容為「天下第一大部」，但環資部的人力編制，比起國防部、內政部、教育部與交通部，都還輸得很遠。
經濟部人事處陳榮順表示，未來經濟部改制為經濟及能源部後，下轄三級機構幾乎都維持現有編制，不過，經濟部加工區管理處將與工業局工業區業務整併，改制為「產業園區管理局」，二個單位整併後，將可加強工業區管理與對外招商；另外，經濟部投資業務處與投審會也將整併為「投資業務司」，整合對內投資與對外投資業務，希望未來在僑外資投資審查過程排除貿易障礙，讓流程加速。
先前與環保署針對林務局歸屬爭執不下的農委會，未來的森林業務僅保留林業生產業務，林業相關業務成立林業司後，其餘部分包括福山等國家森林遊樂區，都將歸環資部管轄，農委會副主委陳吉仲表示，未來林務局，「只要是跟集水區有關的，就留到環資部」，例如環資部的生物多樣性及森林保育研究所，就是把農委會的特生中心與林試所水源保育部分，移到環資部。
農委會方面除了移出林務局多數業務，其既有業務包括農田水利、農業金融業務，未來組改後也會略有調整，農田水利處將改制為「農村及農田水利署」，負責農漁會輔導的農金局與輔導處，則將整併為農民服務及農業金融署。
原能會成行政院三級獨立機關
另外一個組改過程，較為尷尬的原能會，因應2025非核家園後的核電業務，只剩下核廢料處理議題，原能會未來在組改後，將從行政院二級機關，降編為三級獨立機關，原能會副主委邱賜聰強調，未來成為行政院下轄獨立機關後，仍將承接原能會主管法令與監督功能，希望做到核安監督工作無縫接軌。
