年底桃園市長選戰，身陷論文風暴的前新竹市長林智堅退選，民進黨將改推黨籍立委鄭運鵬上陣，對林的論文風暴，身為台大校友的桃園市長鄭文燦13日上午表示，他是非常愛台大的，他知道台大之所以成為台大，就是因為支持真理，所以學倫會當然要嚴謹，不能漠視當事人所提證據，也不能拒絕當事人申辯，特別是一個重大的學倫事件，絕對不可以草草來決定，這是基本的道理。
鄭文燦說，我們支持學術自由，支持大學自主，也捍衛台大的尊嚴，才會要求必須要在學術的標準上，給當事人充分的說明，甚至交互的對話，這是基本的前提。我們愛台大也愛真理，做為台大人最光榮的是，不是屈從某些固定的教條，而是敢於去面對問題，最終來說一個好的大學，一個偉大的大學當然是要呈現出嚴謹度，這是我們大家所期盼的。
鄭文燦12日在選對會，試圖勸林智堅續戰未果，他上午受訪也說，這個月的選舉是不好的示範，因為論文的爭議淹沒了一切，我們看到了泥巴戰、抹黑戰，看不到候選人的市政願景，這不是民主選舉的常態。當然他也不認為用一件事情可以否定林智堅是一位好市長，8年的執政創造了新竹的幸福，凡事都要公平看待，就像我們支持學術自由，也支持大學自主。
