高教投資太少，只有OECD1/3強
在大學放榜前，私校協進會理事長、大同大學校長何明果就向《新新聞》表示，過去少子化倒閉潮是發生在技職體系，「今年開始會延伸到一般大學」。大學分發入學放榜結果應證了他說法──一些前、中段班的私校今年也面臨嚴重缺額，未來經營也將更困難，可能會用緊縮教學資源、降低教學品質以平衡學生流失的收入減損。
政府對於私校調漲學費一直抱持謹慎態，畢竟多數學生是在就讀於私校，這個衝擊是相當大。教育無法完全市場化，那麼就必須倚靠政府資源更大量的投入。據高教工會指出，投入台灣高等教育的政府預算約為新台幣724億強，僅占國內生產毛額（GDP）的0.39%，而經濟合作暨發展組織（OECD）國家平均則是GDP的1%，台灣只有其1/3強。
政府對高等教育的投資不能只著重公立大學，畢竟多數學生、而且是弱勢比重較高的學生是就讀於私校；政府資源投入必須在公私立大學間取得平衡。除了補助私校弱勢生的學雜費，也應提供誘因與資源讓私校願意投注更多經費增加教師人數以提高教學與研究品質。全國私立學校產業工會理事長尤榮輝也建議，公私校同步減招、發給私大學生每學期新2萬5千元的教育券等，以平衡公私校資源。
除了大學部缺額問題嚴重，林智堅論文事件引發的後續問題暴露出各大學研究所為了搶錢、搶資源，建立人脈，棄學術規範如敝履，瘋狂發展在職專班。
在職專班美意已遭嚴重扭曲
首先必須肯定在職專班做為終生學習的一環，對於個人的成長以及產業的進步有積極意義，這也是在職專班的初衷，但是如今在職專班已然質變。正如世新大學教授黃德北等人發起的聯署指出，他們不反對透過在職專班，讓無緣擠進研究所的社會人士有機會獲得碩士品質的教育，「但反對目前這個制度成為政客和大學之間權勢交換的管道，使黨、政、軍變相公然重返校園。」
南投縣議長何勝豐就是個活生生例子，這位政治專業人士卻去念一個和自己職業完全無關的亞洲大學生物資訊與醫學工程研究所，做的題目還是令一般人卻步的思覺失調與內分泌及代謝疾病的關係。實在很難想像，這個系所是基於什麼標準會收這位高材生？而且還有能力指導他完成這個與其專業完全不相干的高深研究。
台灣超過5萬2千名在職碩士生已成了各大學的金雞母，高額的學雜費成了系所重要收入來源。據《新新聞》統計分析，台大在職進修班便學雜費收入約2.9億元，佔全校學雜費收入的14.38%，政大全10.6億元的學雜費收入中，在職專班3.1億更將近超過三成，政大在職專班收入也是國立大學最高的。其他前段國立大學在職班收入多占學校總學雜費收入15%左右。
除了帳目上的收入，在職專班的學生們都是社會各領域中堅菁英，這為系所與教授搭建起良好的社會網絡，有利於未來各種相關計畫的申請與推動。象牙塔裡的學者也希望建立良好社會關係，這種無形資源的貢獻不會低於學雜費收入。此外，對授課教師而言，還有優渥的鐘點費可領。
高教資源配置出錯會動搖國本
學術工作者擁有知識這項文化資本，可以用來和其他擁有財富、權力的人交換，這是種正常的社會互動，但重點是對於這種社會資源交換要有一套規範機制。更重要的是，各大學瘋在職班最根本原因還是在資源不足，國家教育與學術研究主管單位必須思考：高教資源到底有多少比例要投入基礎研究、有多少比例可以放到職教育這種終生學習機制中？如果政府投資在高等教育的資源不足，各大學系所只好發揮渾身解術「自謀生存」，從接學術成分低的政府委託案，到擴張在職教育。這些計畫都有其社會貢獻，但如果本末倒置、影響到學術研究教學的根本，那就如同飲鴆止渴。
林志堅論文風波不只是表面呈現出的一場政治鬥爭，更重要的是底層透露的高等教育資源配置失當的危機。從研究所到大學部，整個國家高教資源配置都出了問題，這是會動搖國本的大問題。
