我跟余先生對宗教史的看法有一致的地方，也有不一致的地方。非常一致的地方是什麼呢？是我們都希望在歷史背景下去研究禪宗。余先生對胡適是非常熟的，胡適討論禪宗的文字，他都記在心裡、如數家珍，他也非常贊成我們應該像胡適那樣從歷史和文獻中去研究禪宗，而不是對禪宗的信仰有什麼興趣。
他曾經引用過一段評價陳寅恪的話，說：「俞大維曾經說過，陳寅恪對佛教有興趣，但是他絕對不是信仰佛教，而是對歷史有興趣。」我想我們也是一樣的，所以後來我在《中國禪思想史》再修訂版的時候，還特意寫了一篇很長的文章，就是〈仍在胡適的延長線上〉。這是我們很一致的地方。當然也有不完全一致的地方，比如說剛才孝悌兄講的《中國近世宗教倫理與商人精神》這本書，我曾經跟余先生說，我對他的一些說法有點懷疑——新禪宗是不是能夠刺激出韋伯說的資本主義的計算、理性和天職？但是剛才我們提到余先生講的幾個關於禪宗研究的問題，還真是至今沒有討論好的問題。在學術界，我到現在沒有看到對這個問題很好的討論。
後來有一段時間，我非常多地去看日本禪宗的研究，覺得日本禪宗跟中國禪宗確實有非常大的差異——它（前者）介入政治非常深。可是我們要回過頭來想，為什麼中國禪宗跟政治之間的關係（薄弱），是不是我們沒有發掘出來？或者說它本來確實就沒有那麼深？而我們的禪宗史研究，確實比較少讓禪宗落下「雲端」，回到政治、介入社會。
過了一年，2013年的冬天，我再次到普林斯頓去客座。那次余先生讓我看《論天人之際》的校樣，第二年就在聯經出版了。看了之後，我跟他討論了很多，他就跟我笑著說這是他最後一本書了，可我當時就說「那不是最後一本，你還欠了一本唐代的佛教和禪宗以及歷史的研究」，他當時笑了笑說：「我現在沒有精力，這事就交給葛兆光了」，我說我可寫不出來。我沒有余先生那種高瞻遠矚的視野，到現在也沒有能力寫出來，所以想起來也真是很慚愧。
討論禪宗是兩次比較專業、學術的長談，但是我在余先生的客廳裡與他談得更多的，可能是學術界的各種見聞。余先生一生閱歷豐富、閱人無數，又有全世界論學、訪學的經歷，肚子裡有很多掌故，我真的是從余先生那聽的太多了。無論是歐美、日本、中國、台灣、香港，無論是他的前輩、同輩、還是他的後輩……他比我們的閱歷豐富得多，我也確實特別喜歡聽他講這些故事。聽他講故事不僅是一種享受，而且長見識，其實更多的是讓我們跟著他一起進入學術史。
以前人所說的「掌故之學」，餖飣而且瑣碎。可是余先生不一樣，他心中有大的歷史判斷，總是能把這些東西放在思想和學術的大脈絡裡面，發現他自己所說的「暗碼」。
