二、垂直制衡
垂直的權力分立，通常是指將國家的權力分配給兩個層級以上之政府組織分別行使，例如：垂直分配給中央政府與地方政府。但如果從國家權力彼此制衡與共同作用的觀點來看，三權分立中司法權不同於其他兩權，蓋立法權、行政權本質上皆可區分為中央與地方分權制衡。但所有法院無論在任何層級均是獨立行使其權限，審級不同的法院僅是為了確保法上決定的正確性，而非權力行使上的隸屬關係。故有學者認為，司法權之行使，除了是水平權力分立不可或缺的制衡機制外，亦可謂具有「垂直」權力分立制衡之作用功能。
在我國，行政院下設有中央選舉委員會等獨立機關，各機關亦設有訴願審議委員會等具有獨立性質的內部單位。另外，依國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法第3條之規定，國立大學校長遴選委員會(下稱遴委會)應本獨立自主之精神執行其任務，亦具有類似的行政獨立性。理論上，這些在行政權下的獨立機關或單位，如同司法權下的法院一樣，不論其組織型態或層級為何，苟能獨立行使職權，確保其專業性、政治中立性與價值多元性，便可發揮「行政權內垂直權力分立制衡」的功用。然而，在政治現實上卻非如此，本次台大校長遴委會遴選新任校長報教育部聘任遭拒，即屬行政權內垂直權力分立制衡受挫的適例，令人扼腕。
三、文官中立
有鑑於現代行政組織專業與分工的細緻化與複雜，使得組織內部形成履行技術與專業的人員。此乃技術官僚(事務官)在行政領域中所形成與政府決策 (政務官) 結構上作用之分配，亦可視為是權力分立制衡的另一要素。這種技術官僚中立權力的行使，所考慮的主要在於：政黨色彩降至最低，作成行政處分的公平、公正及公開，以及人民對文官之專業事務處理的信賴等。此一文官體系中立權力的制衡機制，在我國即是所要求的「行政中立」。
又，為保障公務人員權益，兼顧其服從義務與違法責任之衡平，公務人員保障法第17條明定：「公務人員對於長官監督範圍內所發之命令有服從義務，如認為該命令違法，應負報告之義務；該管長官如認其命令並未違法，而以書面署名下達時，公務人員即應服從；其因此所生之責任，由該長官負之。但其命令有違反刑事法律者，公務人員無服從之義務。前項情形，該管長官非以書面署名下達命令者，公務人員得請求其以書面署名為之，該管長官拒絕時，視為撤回其命令。」
另據，報章媒體事後披露，在4月25日的管案跨部會諮詢小組會議中，教育部法制處文官曾提出「最後的呼籲」，提醒與會者需考量到，若台大管案建立如此高尚品德標準，未來其它學校、其它案件是否將一體適用問題？不排除恐衝擊其他現職的校長。至於教育部人事處、高教司等單位文官，是否有人認為管案不予聘任違法，而有勇氣依上開保障法第17條規定向該部長官提出陳述，並請長官書面下令以示負責，吾人不得而知。抑有進者，教育部這三個單位的主管文官亦可合作突破科層限制，聯名陳告或對外招開記者會，以充分發揮行政中立的制衡力量。不過事後看來，縱使兩任教育部部長為此請辭下台，現實上似亦難奢望其內部文官們能夠成為中流砥柱的制衡關鍵角色。
