一九九六年六月,時任法務部長的馬英九因為抓賄選,社會聲望達到了高峰,却得罪了與李登輝親近的立法委員們,特別是諸多身兼黨職的立法委員,在中常會上痛批馬抓賄選的作為無異於亡黨,馬英九因此被拔掉了法務部長的職位。丟官下臺後,一度傳聞馬英九可望出任新聞局長,卻是只聞樓梯響,始終未能成真。最後李登輝拍板定案,馬英九轉任行政院政務委員,但從法務部長轉任光桿政務委員,如同從人車喧譁、業務繁忙的大衙門,貶入兩位政務委員共用、只配了一位祕書的小辦公室上班,與被打入冷宮無異。
一九九七年五月白曉燕案發生,馬英九發表「不知為何而戰」、「不知為誰而戰」談話,隨即辭去政務委員。八月,轉往政治大學擔任專任副教授。任教期間的馬英九並不寂寞,一位粉絲提供了信義路四段四○一號的辦公室讓他使用,還有祕書幫忙接聽電話,他還兼任中國國際法學會副理事長。
一九九八年,臺北市長任期屆滿改選,國民黨中央希望從陳水扁手中奪回市長寶座,經過多次民調結果,在諸多考慮人選中,唯有馬英九能勝過陳水扁,國民黨祕書長許水德授意馬多去各種國民黨籌辦的造勢活動走動。
當時凍省的論調喧囂塵上,在一次由王作榮出面,假臺大校友會館主辦的「凍省」研討會裡,我與當天的專題報告人之一馬英九隔鄰而坐。記者們一見到馬英九抵達紛紛蜂擁而上想採訪,馬說:「我口渴,等我喝口水再說好嗎?」有記者立刻雙手送上一杯白開水,坐在對面的幾位教授見狀當然不是滋味,不以為然地說:「大家同樣都是教授,為什麼他能獨享這種待遇?」
待馬英九坐定,我問:「你真的不參選臺北市長嗎?」他告訴我,祕書長打電話要他盡量去參加各地黨部辦的造勢活動,他也確實很認真的自己開車去跑攤,但抵達某些造勢現場時,主辦單位的工作人員見到他往往很驚訝地問:「你今天怎麼會來?我們沒有安排你的座位!」馬說:「跑了一陣子以後,我發現他們根本在騙我。所以我才一再表示,不會參選臺北市長。」
試想,任何人接到黨中央祕書長的電話,被告知應該多去各個黨部參加動員造勢活動,卻處處碰壁受辱,有這種反應其實很正常。名嘴與媒體一再重覆敘說與報導馬英九講了「兩百次」不選臺北市長,不免有些故意誇大其辭,事實上並沒有人能提出任何數據,證明他說了多少次不參選,「兩百次」只是個隨便說說的數字。說穿了,目的就是要修理馬英九而已。
然而,面對挾高聲望與高支持度競選連任的陳水扁,馬英九是絕大多數國民黨內人士,包括當時的祕書長許水德在內,公認最具勝算的人選,黨內所做的民調亦顯示如此;黨主席李登輝卻另有屬意人選,首選為蕭萬長。黨內對提名人選意見分歧。