過去的研究還指出，現代智人抵達歐洲的5000年後，尼安德塔人就滅絕了。科學家推測，近親繁殖、族群密度低，氣候變遷導致與現代智人爭奪食物，都可能是絕種的因素。然而，人們一直以來都不清楚尼安德塔人的家庭結構或社會組織方式。
A new study has revealed that Homo sapiens and #Neanderthals lived together in #Europe for about 2,000 years. No wonder Neanderthal genes live on in #humans today! https://t.co/AOLdj2vwWB pic.twitter.com/H7jdNlWA3N
— Ancient Origins (@ancientorigins) October 16, 2022
在最新的研究中，科學家發現，查格爾斯卡婭洞穴與距離不到100公里的奧克拉德尼科夫洞穴，居民之間很可能有日常交流，例如跋涉到相同的岩石來源地製作石器，狩獵附近高地的山羊、馬、野牛和其他動物。
讓科學家認為洞穴居民一起生活的決定性證據是他們的基因。研究主要作者斯科夫在澳洲非營利媒體《對話》（The Conversation）指出，查格爾斯卡婭洞穴尼安德塔人皆有幾種相同的遺傳異質體（heteroplasmy，一種通常遺傳不超到三代的粒線體DNA變異），結合他們密切家庭關係的證據，表明他們一定是在同一時期生活和死亡的。
基因分析也表明，查格爾斯卡婭洞穴尼安德塔人並沒有與附近的智人和丹尼索瓦人發生性行為。然而我們知道根據帕博過去的研究，尼安德塔人確實曾與智人繁殖，生下混血嬰兒，而且幾乎所有現代人都帶有尼安德塔人的部分DNA。上週另一項發表的研究指出，歐洲尼安德塔人曾與智人共存約2000年的時間。
近親繁殖
族群規模越小，遺傳多樣性會越低。而最新研究發現，兩個鄰近洞穴的尼安德塔人社群主要以近親繁殖，遺傳多樣性非常低，與山地大猩猩這類瀕臨滅絕的物種差不多。
研究人員還發現，尼安德塔人由父親傳給兒子的Y染色體多樣性，遠不如從母親那裡遺傳的粒腺體DNA。這表明尼安德塔女性更頻繁遷移，與不同地區的尼安德塔人互動、繁殖，而男性則大多待在原地。近親繁殖的另一種可能原因是他們分布太分散，社群之間距離遙遠。
近年來，越來越多證據表明尼安德塔人擁有與古代智人祖先一樣令人印象深刻的技能、認知能力和行為。另一位研究合著者、加拿大多倫多大學人類學家維奧拉（Bence Viola）指出，人們過去認為尼安德塔人沒有藝術、音樂或語言，但從他們的裝飾品和繪畫中可以看出，人們推斷完全錯誤。
維奧拉表示，這有史以來規模最大的尼安德塔人基因研究，像我們展示史前人族「人性化的一面」，一旦你證明，這個尼安德塔女孩在洞穴與她的父親和家族共度時光，屠宰他們在山上埋伏狩獵的山羊，或成群穿越山谷的野牛，這些人存在過的形象就鮮明了起來。
西伯利亞南部的阿爾泰山脈位於尼安德塔人分布的最東邊。維奧拉認為，居住於東部邊陲的查格爾斯卡婭洞穴尼安德塔人似乎一直處於滅絕邊緣，他們可能與歐洲尼安德塔人不太一樣。
