「我們很清楚這個案子的效應很大，牽涉到的人都是重要政治人物，一定要非常謹慎，我們沒有加工添料，用最嚴格的證據決定起訴馬英九，對於外界的誤解，我們也有心理準備。」一名三中案專案小組成員語重心長地說。巧合的是，七月十三日馬英九即將迎接六十八歲生日，就在他生日前夕，台北地檢署對他送出高達七六二頁、超過五十一萬字的起訴書。
檢方認定，馬主導賤賣三中及舊黨部大樓交易案，造成國民黨將近七十三億元的損失，不但將他依《證券交易法》的特別背信、非常規交易罪起訴，還建議法院「從重量刑」。如果罪名成立，馬將面臨面臨三年以上、十年以下徒刑。
峰迴路轉靠汪海清保命光碟
二○○五年八月十九日，馬英九風光上任國民黨主席，他旋即對外宣示「黨產歸零」，也強調「必須在《廣電法》所定的退出媒體期限前（即同年十二月二十六日）處分華夏公司股權」。而他真的做到了！在大限前兩天拍板由黨營中央投資公司將華夏擁有的中視、中廣與中影（三中）股權，以四十億元賣給中時集團余建新（榮麗公司）。
不過，這樁美事卻在隔年破局。華夏三中最後從包裹買賣一切為三，中投用八．九億元將中視賣給余建新，用五十七億元將中廣賣給趙少康（實際上趙僅以十億元取得廣播部門），中影則以三十一億元賣給正崴老董郭台強。這個發生在十二年前的三中舊案曾由特偵組簽結，不過原本看似沒有犯罪問題的三中案，卻在十二年後峰迴路轉，由檢察官親手揭開醜陋的內幕。
檢方去年十月十八日搜索中投前總經理汪海清住處，意外查扣二十多片錄音光碟，光碟裡竟然是汪海清偷錄的三中案保命錄音檔，讓此案露出曙光。而辦案人員懷疑還有光碟存在，隔月九日長驅直入國民黨黨部大樓，前往六樓的中投展開搜索。這一搜可不得了，檢方竟在職員辦公室座位底下發現一整袋的光碟片，細數後高達兩百多片，且光碟排列得井然有序，上面還詳細標註著「950313主席」、「950204黨部」等字樣。
檢方查出，光碟裡全部都是三中案的開會錄音檔，而來源幾乎都是參加會議的中投主管偷錄下來的。已有人向檢方坦承，擔心買賣三中的過程違法，才會決定錄音自保。這批秘密武器成了還原三中案的最佳鐵證。
還沒上任就急著和余建新談生意
檢方花了大半年的時間勾稽錄音檔，另向國民黨、中投調資料。比對後發現，三中案的真正決策者就是馬英九。
檢方查出，馬英九當時指示中投、光華董事長兼國民黨行管會主委張哲琛盡速處理黨產，汪海清則負責處理買賣細節。不過，中投和光華都是公開發行公司，資本額高達三四九億元，在國民黨買賣三中黨產時負債高達一六三億元。
而馬還沒上任黨主席，張哲琛就趕緊帶著汪海清到馬英九的台北市長辦公室會晤余建新，讓汪海清明白馬屬意的三中買家就是余建新。調查指出，汪海清曾告訴時任國民黨秘書長的詹春柏：「在馬主席當主席之前，余董事長（指余建新）就已經來過好多次了，表明說他要。……以我來講就兩次被找去主席辦公室、市長辦公室，那時候余董事長就來講。」詹驚訝地說：「那時候馬英九還沒當黨主席啊！」
