攸關全國近七十萬家企業運作規範的《公司法》修正條文，七月六日在立法院臨時會最後一天三讀通過。這是繼二○○二年後睽違十五年的法條大翻修，修法工程耗時兩年多。
其中關鍵條文有因應年底亞太洗錢防制組織（ＡＰＧ）評鑑的「防洗錢條款」第二十二之一條，揭露股份超過一○％股東、負責人身分；外界視為大同經營權保衛戰的第一七三之一條「大同條款」；以及因應經營權紛爭修法的第九條條文，也被視為是「SOGO條款」。
刪除公司秘書制，賴揆點頭
《公司法》修法從行政院送案至立法院就引起朝野立委角力不斷，六日立法院處理《公司法》關鍵時刻，全國工業總會等八大工商團體同步在各大報刊登廣告，提出「工商界對公司法修正之持續建言」。最後工商團體訴求幾乎大獲全勝，除了「大同條款」中，持股過半股東得召開臨時股東會，持股期限須至少三個月這條外，修法幾乎全面回應工商團體訴求。包括刪除「普通董事查閱權」，政院版草案中原增訂的「設置公司治理人員」（即公司秘書制）也在工商團體反彈聲中，二讀時被朝野立委刪除。
民進黨團總召柯建銘還原《公司法》三讀前關鍵七十二小時。六月二十九日院長蘇嘉全召集《公司法》最後一次朝野協商，保留條文達三十條，其中包括行政院建議修改條文。柯建銘透露，關鍵條文包括「大同條款」、「SOGO條款」以及「普通董事有公司資料查閱權」跟「公司秘書制」。
公司秘書制在學者專家建議下增訂於行政院草案，這個制度妨效英美，治理人員坐鎮負責公司登記、股東會、董事會召開流程、保管公司薄冊文件。《公司法》公聽會時，有學者認為，若實施此制度就不會發生台紙經營權之爭。
不過，這個制度納入草案後引發工總反彈。據瞭解，工總曾向民進黨團陳情稱，未來一旦修法通過，台灣沒有類似的訓練制度，秘書治理人才要去哪裡找？且多一位公司秘書在公司治理上恐疊床架屋。最後在朝野協商中，藍綠多位立委基於避免增加企業成本因而協商刪除。柯建銘說，協商後他告知賴清德院長，在賴揆同意下刪除此條文。
柯建銘明言修法係針對大同
「公司秘書制度原本協商到只要上市櫃公司設置，從金管會那邊開始處理，希望一百億元資本額以上的公司才要。」柯建銘說。目前依金管會計畫，明年起第一階段將強制要求金融業及實收資本額一百億元以上的上市櫃公司設置公司治理人員。
第一七三之一條則是攸關大同經營權保衛戰的「大同條款」，審查開始，「公司派」與「市場派」即兩邊拉扯。最後三讀條文明定「繼續三個月以上持有已發行股份總數過半數股份之股東，得自行召集股東臨時會」。原行政院版本無「持股三個月以上」時間限制，條文送到立法院後，在野黨認為降低臨時股東會門檻，未來動不動就開股東會，影響公司安定，國民黨提案過半股東至少持有股票一年以上才能召集臨時股東會。
柯建銘透露，七月三日換賴清德召集經濟部、國發會、金管會、法務部、黨團幹部等所有與修法有關部會討論法條。賴揆親自拍版在「大同條款」中加上三個月繼續持股期限的折衷方案。
「今天會這樣修法，就是因為大同運作太厲害！」柯建銘指出，大同公司的家族成員過去長期是國民黨中常委，受到政府保護，就算家族持股比例不高，還是可以透過收購委託書等方式「萬年執政」，且國民黨執政時，還讓大同大學校長當台電總經理。這次修這條就是要讓「（公司掌權人）做不好，所以要罷免」。
「大同條款」被部分企業與親綠學者批評為「中資條款」，贊同行政院版本的立委被罵成「綠皮紅骨」。甚至竹科一家ＩＣ設計大廠高層發公開信給立委，認為條文通過將動搖國本，連台積電、聯電科技產業都將遭中資把持。也有親綠學者直接親電柯建銘，要求這條千萬不能通過。一位參選年底縣市首長的民進黨立委，也傳學者建言到黨團群組，盼黨團成員斟酌。
