神聖區獻給最偉大的太陽神因蒂（Inti），這裡的拴日石（Intihuatana）、太陽廟、三窗神廟（Temple of the Three Windows）有著重大考古價值。居住區的一些區域專屬於貴族，這裡的房子成排建於緩坡上：智者（Amantas）的屋子有紅牆，王子（Ñustas）的住宅有著梯型房間，主城堡有一片區域是專門關押懲戒犯人的監獄，石造的紀念陵墓是宗教儀式與獻祭犧牲的場所，裡面的空間呈拱形。
1983年，馬丘比丘被聯合國教科文組織（UNESCO）列為文化與自然雙重遺產（Mixed Cultural and Natural Heritage），而觀光人潮眾多的馬丘比丘面臨遭旅遊業破壞的隱憂。
1911年，賓漢三世以租借為名，從馬丘比丘帶走4千多件古文物至耶魯大學（Yale University）。為了索回珍貴文物，祕魯政府不斷抗議，向耶魯大學追討多年，甚至對簿公堂。2010年，時任祕魯總統賈西亞（Alan Garcia）致函時任美國總統歐巴馬（Barack Obama），歐巴馬親自向耶魯大學進行道德勸說；2011年，耶魯大學終於退讓，願意歸還第一批文物，總計366件，這些文物於2011年3月30日運抵祕魯；2012年11月，耶魯大學歸還最後一批文物、共3萬5千個陶瓷碎片。
