在大是大非的選擇方面，胡教授的作風就果決得多。1994年，李登輝在國民黨內開始掌握實權。三年後的六月，邀請胡教授以「憲法學者」的身份，參加國是會議的預備作業。當他察覺李總統的修憲意圖，竟然是推動台獨分裂，動搖國家認同，從根本上違背憲政主義與自由民主的精神，立即斷然退會，拒絕為掌權者背書。當年六月24日，他更帶領「台大關心憲改聯盟」十多位教授。赴陽明山中山樓，遞交台大校務會議的修憲建言，及校內近二千名師生聯署「反對修憲謀權」的名冊，提出抗議，並要求停止修憲。
在兩岸關係方面，胡教授生前最擔心的是對於政治人物因為認同錯亂，或政治計算，刻意製造台灣兩千三百萬人與對岸十四億人之間的疏離、敵意與對立，他認為：這樣的操作手法，既不負責任，也極不道德。
「佛門弟子」
胡佛反對台獨，1980年代中期，他更邀集同道，組織「中流文教基金會」，劍及履及，的推動兩岸學者的交流與合作，但他從來不干預他人或學生的政治信仰，也不認為參加民進黨就必然會主張台獨。
他在學術研究方面的堅持是「科學研究方法」。從1980年代，他便帶領研究生，在台灣開始從事政治文化、政治態度、以及政治參與的實徵研究。那時候，我在台大心理系開設「多項變數分析」統計課程，他特別要求他指導的研究生游盈隆和陳明通前來選修。1997年，他在幾位研究生的協助下，將自己在這方面的研究和著述，整理成《政治學科學研究》立本專書出版，從〈方法與理論〉，談到〈憲政結構與政府體制〉。
他認為：大學必須在自由與自主的環境中，才能充分實踐學術上的尊重理性與開放，因此，他旗幟鮮明的主張：「在台大校園中，不接受任何不容批評與詰難的學說與意識形態，也不允許任何政治勢力滲入校園，干涉我們自主的學統。我們的學統只有學術權威而無政治霸權」。他所帶領的研究生也因而自稱「佛門弟子」。
「統一是必要之善」
很多人覺得奇怪：像胡佛這樣的自由主義大師，為什麼會主張國家主義？2013，他以〈國家統一是必要之善〉為題，接受《觀察》月刊的專訪。他很清楚地表明：
國家層次的自由，是指一個國家不能受到他國的控制與干涉；否則這個國家就不能自主、不得自由。真正的自由主義者除了重視政府與個人之間的個人「小我」自由，更應重視國家的「大我」自由，因為如果國家遇到內亂、外患，不能凝聚、自主，就失去了自主運作的自由，必無法保障國民的個人自由及社會的安寧。如此看來，國家的自由可稱為「大自由」，是大我透過國家這個政治團體行駛的集體自由；人民的個人自由則是「小自由」，只是針對國家統治機構的政府而言的，要求政府權力不要限縮個人自由。從政治體系看，「大自由」與「小自由」不在同一層次，「小自由」必須有「大自由」保障，兩者並不互斥。
