權力愈集中則機制愈僵化，讓台灣防疫初期的靈活性逐漸消失；相反地，病毒卻機靈地在尋找生存空間。當病毒找到破口、防疫漏洞出現，指揮中心的權威隨即受到挑戰，朝野、中央地方的政治角力跟著展開。先是2021年4月過境旅館諾富特發生群聚感染，10天間諾富特已成病毒傳播溫床，疫情指揮中心才開始淨空旅館。到5月初本案已累積了24個確診案例、6個家庭群聚感染。至此「禦敵境外」破功。接著萬華爆發社區感染，連續每天數百確診病例出現。這兩件疫情讓台灣進入三級防疫警戒，被全球稱譽的「防疫神話」也在短短幾周內破滅。
隨後就進入一場中央與地方的權力戰爭。原本中央疫情指揮官陳時中有如教皇般受民眾信任，但也具有醫學專業的柯文哲開始出來挑戰權力中心，尤其萬華疫情延伸到台北果菜市場引爆中央與地方管理爭議，柯文哲開始直播記者會嗆中央。澎湖離島入境篩檢問題、彰化篩檢問題，中央與地方又槓上。
疫苗是台灣最難堪的經驗
除了中央地方矛盾，引中央與民間最大矛盾的是疫苗問題。
在疫苗問題上，台灣與美國強烈對比。正如美國「新冠沙皇」佛奇（Anthony Fauci）在4月24日接受《紐約時報》訪問時說：「在疫苗方面，由於我們已在數十年的準備工作中投入了大量努力和資源來開發疫苗平台和最好的免疫原，我們的努力是前所未有。」這讓美國得以在11個月間開發出新冠疫苗，並於2020年11月就開始接種。但由於一些文化、價值與觀念問題，讓美國疫苗接種率提升得很辛苦；台灣相反，民眾渴望接種疫苗，卻沒疫苗可打。蔡英文政府不想受制於中國掌握的BNT疫苗代理權，把自主研發疫苗當做國安策略。問題是台灣過去在疫苗研發投注太少，本土covid-19疫苗生產的起步又晚，更沒有辦法安排三期實驗。本土疫苗研發不順、台灣民眾不信任，也不被國際承認，最終成了浪費鉅額預算的失敗計畫。
更麻煩的是權力的集中也成了腐敗溫床，高端股票內線交易等弊端，也在政府渴求本土疫苗的保護傘下滋長。這也成了陳時中競選台北市長時揮之不去的陰影。本土疫苗研發不順，國際上又搶購不到疫苗，一度只能靠美、日，甚至立陶宛、斯洛伐克與捷克等與台灣關不算深厚的國家捐贈疫苗，甚至被譏為疫苗乞丐。疫苗經驗是台灣這波疫情中最難堪的一頁，台灣應痛定思痛學得教訓，若認真把疫苗當國安議題處理，就得效法美國，長期準備、投入足夠資源。
疫情逐漸遠離，我們除要慎防瘟神的回馬槍再起疫情，更要從新冠疫情取得教訓，防疫法規、公衛制度、疫苗科研，各面向該補強、要創建或需耕深的，都得努力不懈，不能心存儌倖，否則將成為瘟神再度駕臨時的蹂躪對象。
