我們現在知道，黃仁宇的成名之作是《萬曆十五年》。這本書使他在丟掉教席，甚至要靠救濟金度日的困窘中敗部復活。但是，就像黃仁宇自己說的，他在歷史學術中逐漸領悟的所謂「大歷史」的觀點，卻在美國的中國歷史學界中遭遇巨大的敵意。但是黃仁宇相信他自己的結論，比許多祇去過中國「觀光」的美國的中國歷史學家更有根據，他說自己無意說教，但「到最後，我避免放肆，就顯得很不誠實，我壓抑自己的反對意見時，就顯得很虛偽」。
黃仁宇倒不是因為美國中國歷史主流學界的敵意而丟掉教席。那個悲劇純粹只是反映美國社會一般教育中對中國歷史的一種口味，加上一個小型大學在面對預算緊縮、學校生計壓力的權宜舉措。他在教學中面對學校奇特的選課衡量制度折磨，在和一些學生溝通中，更經歷近乎污辱的對話。對於一般美國人來說，儘管這些人應該已是有些知識的大學生。中國不過是遙遠的一個古老國家，用什麼態度去瞭解中國實無關宏旨，重要的是給他學分好讓他畢業出外工作。
黃仁宇倒沒有心懷憤懣，因為他知道這一切都是他自己選擇的，對比起在中國的境遇，似乎還有一份幸運之感。他的情緒雖是標準中國式的，不過文字婉轉自嘲，已帶著一種美國式的修辭。他說起自己如何不能同意，美國主流的中國歷史學界的一些「行規」，譬如說一個研究不應該長過數十年以上，要不然就不夠精確，他力持謙抑，終究還是忍不住寫出他的這些同行寫的論文像是一些「帶著注釋的翻譯」。
黃仁宇畢竟骨子裏還是一個頑固的中國人。他雖說他一生從來不打算當極端分子，甚至也沒有打算宣稱自己的原創地位，但是對他來說，完全是無意間得之，是由生活經驗一部分而來的大歷史概念，甚至是直接冒犯到美國中國研究的一代宗師費正清。
黃仁宇說他自認算是「費公」的門生，也真誠崇仰費正清中國研究的學術工作，但是終究不能同意他的一些基本看法。黃仁宇領會費正清的寬厚大度，但終究不免費正清的巨大學術權威陰影罩頂，他陷入一種兩難困境；他必須有權威地位才能夠出版他的學術創見，但是得不到出版機會，又如何建立起權威地位呢？
1972年他應李約瑟之邀到英國劍橋參與合作「中國科學與文明」，顯然是一個比在美國麻省劍橋愉快很多的經驗。李約瑟在歐美學術圈中也是－個異類，左派社會主義信徒出身，在中國長久的調查經驗，最後他以半個世紀的生命歲月，沉潛在劍橋凱思學院完成「中國科學與文明」巨著，也終於在西方史學界樹立起不可搖撼的歷史地位。
黃仁宇和李約瑟見面以前，曾通信5年時間，彼此早有惺惺相惜之情。李若瑟的投人「中國科學與文明」巨著，打破了以西方近代幾百年強勢發展過程來論斷中國歷史發展的偏見，李約瑟的學術成功於他的先見之明，不是建立在所謂主流歷史學派的「正確」方法論。他以豐沛的證據和雄辯優美的文字，說明了文化差異的主觀價值，其中直指歷史學術研究的文化自主性，不言可喻。
