憲法法庭第一審查庭的裁定書（112年審裁字第1099號），應處理的第二主題是，「科技部補助專題研究計畫作業要點」（簡稱「補助作業要點」）的制定是否違法，且因而違憲。這屬於憲法法庭的任務，專業用語上，稱為「規範審查」，審查法規是否違憲。換言之，涉及法規本身合法性的問題。
行政命令大多數由行政機關制定，可由不同準據，做出不同的分類。其中分類之一，依法規對內或對外關係為準據，分為「法規命令」與「行政規則」。法規命令的內容涉及對外關係，也就是涉及人民，且對人民有直接拘束力，就如立法院所制定的法律一樣，有相同的普遍拘束力，大家都要遵守。行政規則，則是上級機關對下級機關，或長官對部屬，所發布的命令，屬於行政機關的內規。這二種命令的區別，屬於法學緒論的識。
法規性質與位階的設定，各有其意義、目的與效力範圍。就法規命令而言：
1. 法規命令的意義：行政程序法第 150 條第 1 項：「本法所稱法規命令，係 指行政機關基於法律授權，對多數不特定人民就一般事項所作抽象之對外發生法律效果之規定。」
2. 法規命令的前提要件與職權範圍：行政程序法第 150 條第 2 項：「法規命 令之內容應明列其法律授權之依據，並不得逾越法律授權之範圍與立法精神。」
3. 法規命令的名稱：中央法規標準法第 3 條：「各機關發布之命令，得依其性質，稱規程、規則、細則、辦法、綱要、標準或準則。」
為鼓勵並提高學術研究水準，國家科學及技術委員會（以下沿用舊名稱，簡稱為「科技部」）設立補助研究計畫的制度；主要的規則之一為「補助作業要點」。補助的對象為大專院校及學術研究機構內的教學研究人員。
由「補助作業要點」的內容觀察：
1. 涉及對外關係（行政機關為科技部，申請人為大學與研究機構人員）、
2. 涉及人民的權利事項（例如申請權），規定申請人的資格、
3. 直接對外發生法規範效力：申請人必須遵守科技部的相關規定。
依上述觀察，補助作業的規定，必須也只能以「法規命令」形式制定。
綜合觀察，科技部的「補助作業要點」，其名稱違反上述中央法規標準法第 3 條的法定名稱。沒有明列其法律授權之依據，違反上述行政程序法第 150 條第 2 項。其制定過程，也違反「中央行政機關法制作業應注意事項」關於法規命令的相關規定。
從另一方面觀察，十九世紀的形式法治國家要求依法行政、依法審判，發展到今天的實質法治國家，要求「依法立法」，意指法規本身的合法性。法規合法性議題屬於今天法治國家與憲政的核心問題，包括實質合法性與形式合法性。
