作為婦女研究所老志願者，我2002年在北京工商部門登記註冊北京愛知行健康教育研究所，就是參考了婦女熱線的經驗。
政府對學者型的婦女團體是友好的。工商註冊後，接受國際捐贈款，因為不是經營所得，也不用繳納營業稅（資金往來稅）和企業所得稅，就是說，捐贈款有結餘的，如果贈款單位不要求退還，單位可以儲存下來。工商註冊團體還有一個好處，那就是可以利用大陸開放的商業領域的法規在全國各地和世界各地開展活動。
2003年底，在更加獨立的團體在工商部門註冊後，比如北京愛知行健康教育研究所、公盟前身北京陽光憲道社會科學研究中心，稅務部門下達檔，此類工商註冊團體接受贈款年底有結餘的，需要繳納企業所得稅。如果受贈單位和基金會講好，別在年底匯款，基本也不用繳納很多稅款。後果是，工商註冊公益團體很難有儲蓄，一旦遇到基金贈款變化，機構生存都是問題，別說提供社會服務或開展獨立研究了。
2004年和2005年，中亞國家烏克蘭、吉爾吉斯坦和格魯吉亞相繼發生顏色革命，俄羅斯指控美國的一些基金會，比如美國國家民主基金會和索羅斯的開放社會研究所，是中亞顏色革命的幕後搞手。中共高層開始關注大陸獨立民間團體的發展。
2005年3月，北京市各區縣工商局通知在工商部門註冊的民間組織，發佈「民辦社科研究機構轉換登記告知書」。告知書表示，「根據中共中央、北京市委及國家工商行政管理總局有關文件精神，民辦社科研究機構作為企業事業單位、社會團體和社會力量以及公民個人利用非國有資產舉辦的從事哲學社會科學研究活動的非營利性社會組織，屬於民辦非企業單位，納入《民辦非企業單位登記管理暫行條例》管理範圍，實行民政部門和社科聯雙重負責的屬地化管理。」
通知指出，對「在工商行政管理機關註冊登記的名稱中包含與哲學社會科學相關的『研究院』、『研究所』、『研究中心』及將『哲學社會科學活動』或『社會人文科學研究與試驗發展』作為主營、兼營業務的企業或者個體工商戶應轉換到民政部門辦理社團登記，工商行政管理機關對此類機構將予以註銷登記或核減經營範圍、變更名稱的登記。」
根據這個檔，個別從事人權活動的民間組織被登出登記，多數組織變更名稱，比如當時我自己所在組織「北京愛知行健康教育研究所」變更為「北京知愛行資訊諮詢中心」。
2008年，北京奧運會前後，大陸公民團體遭到來自稅務、工商、銀行、民政和公安的各種形式的騷擾和威脅，有遭遇查稅的，有威脅被關閉的，有銀行要求變更基金贈款協議而繳納營業稅的，更有公安下令取締活動的。
