農委會7日晚間召開緊急記者會表示，金門縣牛場驗出1頭牛疑似帶有A型口蹄疫病毒核酸反應，已撲殺該牛隻並全面禁止金門縣偶蹄類動物及其生鮮產品銷往台灣，旅客也禁止攜帶金門肉品來台。由於過去台灣僅發生過O型口蹄疫，A型口蹄疫為台灣首例，且基因序列比對結果與2013年中國廣東發生之A型口蹄疫相似度高達99%，極可能是由中國傳入。
農委會防檢局表示，金門縣防疫所4月進行例行性屠宰場及畜牧場口蹄疫例行監測時，分別於17日及23日於某一牛場發現1頭牛及2頭牛身上驗出口蹄疫非結構性蛋白（NSP）抗體陽性，金門防疫所17日立即對該來源農場進行移動管制，並於23日再次臨場檢查並採集15頭牛隻血清及咽喉檢體送檢，檢查健康情形良好，沒有疑似口蹄疫症狀。
然而，畜衛所5月1日通知該牛場有1頭牛隻仍有NSP抗體陽性反應，金門防疫所2日再次採集該頭陽性牛隻相關檢體後，便採取預防性撲殺及全場區消毒作業，今初步檢測結果顯示，該牛隻疑似有A型口蹄疫病毒核酸反應，至於是否確認帶有A型口蹄疫病毒，則須由畜衛所進一步分離病毒並確認。
由於台灣過去僅發生O型口蹄疫，A型口蹄疫為台灣首例，畜衛所長蔡向榮表示，經基因序列比對，此牛隻所帶A型口蹄疫病毒與2013年廣東爆發的口蹄疫情相似度高達99%，由中國傳入的可能性極大，但病毒是否與大陸同株，仍需進一步確認。
對此，財政部關務署簡任稽核林堃龍表示，如果是走報關就一定會有進口資料，但由於金門與中國可透過小三通往來，可能欠缺正式的序號資料等等，資料不見得能完整掌握；而是否可能有走私牛隻帶入病原等問題，林堃龍則表示不能妄下定論，需要進一步透過進口檢疫資料了解。
