教育部國家教育研究院9日公開展示新版高中教科書，但媒體卻發現，新版康熹版公民課本「人權篇章」，刪除了鄭南榕自焚爭取言論自由的內容，改以政府徵收案為例。對此，先前就曾表明拒用黑箱微調課綱教材的民進黨籍台南市長賴清德、高雄市長陳菊都嚴詞提出批評。
台南市長賴清德於2012年率先宣布，每年4月7日為台南市的言論自由日，他10日重砲批評舊課綱還未到期，教育部就急著強推已遭判決違法的新版課綱。
賴清德指出，從刪除鄭南榕的例子看來，國民黨政府假借課綱微調，打壓以台灣為本的思想，並呼籲明年以選票唾棄抵制。
高雄市長陳菊11日在接受市議員簡煥宗質詢時，也抨擊教育部手法「卑劣」。她表示，任何歷史事件都應該被記錄，尤其台灣民主發展上的白色恐怖事件，任何人傷亡都應留史青冊、受人緬懷。
陳菊指出，台灣民主發展過程中，許多人犧牲生命、家破人亡、流落海外，鄭南榕以悲壯自焚爭取人民百分之百言論自由，至今人民追求自由的歷史不容許被遺忘、被抹煞，但教育部課綱審議委員會的黑箱作業，抹煞台灣自由民主發展。
陳菊舉例表示，德國二戰至今仍保留納粹集中營，讓人類面對歷史以為借鑑、記取教訓，而非去刪除歷史、藐視人權的歷史教訓。
國教院：鄭南榕事件非課綱內容 應尊重編者教材編選自由
國家教育研究院回應表示，97公民與社會科課程綱要或103修正課程綱要，教材大綱均未提出教科書中應引用鄭南榕的事例，故目前各版本教科書均未出現鄭南榕相關內容。媒體所提康熹出版公司所編103學年度公民與社會科教科書，雖出現鄭南榕先生的圖片及圖說，但於課文中並無相關的內容。
依據課程綱要，該篇章主題為「人權保障與立法」，各出版社編者依照主題編輯，來說明政府濫用權力或侵害人權的事例，以配合課綱所列主題，審定機關對於未違反課程綱要規定之教材內容，編者如何選取題材、使用何種事例，均予以尊重，不會以審代編。
國家教育研究院強調，鄭南榕先生事例是否出現在教科書中，審定機關從未也不應干預，康熹版刪除該事例，也是教科書編者自主選擇的結果，與課程綱要修正或教科書審查無涉。
