馬文君則回嗆，只要舉手就會通過，從開始到現在都是這樣，不要向在野黨潑髒水。隨後兩方開始論戰，場面一度失控，就連主席介入也無法停止。王定宇發言時表示，用凍結到下會期3月以後再做專報，並不合適，如果有疑義，都有秘密專報可以問，何況講的那些裝備，之前秘密專報中，那些裝備輸出許可，不是都有放在桌上嗎？同時也不是沒有電池，而是有測試流程，若大家都支持，應該就要通過，也可以讓海軍好好測試，如果用黨派差異凍結，外人又何苦冒著被中國經濟制裁的風險來幫台灣？
蔡適應指出，這案子不應該刪除，要凍結前幾年都有，最後一年應該就要推過，同時海軍也有外包監管單位。另外，海軍的第二艘潛艦專案辦公室，已經要開始啟動，主要是這潛艦案已經執行6、7年，如果無法繼續做下去，一開始的人員恐會有人才流失問題，但目前沒看到專案辦公室啟用。
趙天麟則說，第一艘原型艦已經下水，現在是測評階段，預計2025年要成軍，如果延續性的作業，沒有專案辦公室來執行的話，可能要等原型艦完全好了之後，再急忙成立。所以要通過這筆預算不要凍結，第二艘行政作業也要啟動。趙也建議馬文君改成主決議，寫在公報上，兩黨這麼多年選舉，可以透過考察、專案報告隨時檢查節點，都比這階段凍結3億來的好，也可以讓世界知道，我們台灣內部都很支持。
對於綠營圍攻，馬文君表示，不懂為何會這樣解釋她提案的目的，她對於潛艦計畫內容都沒有詢問機會，因為一直以來 ，潛艦小組都說做得很好，但是連潛望鏡都還沒來，跟當時軍方相關人員告訴她的「很多裝備明年才會到」相當矛盾。
不過，馬文君也同意趙天麟建議她把凍結案改為主決議方式，「這倒是很中立說法」。國造潛艦這麼大案子，今天立法院會議公開錄影直播審查過程，全國人都可看到，國防部應該要注意她要求、質疑的部分，提出詳細說明。
最後在馬文君同意改成主決議情況下，這筆「另辦理原型艦先期優化作業，（包含工程分析、模擬及評估）」，全案改由主決議並照列通過，耗時20分鐘，也讓軍方鬆了口氣。
