到了2004年至2008年二次政黨輪替前，此時陳水扁非民進黨黨主席，民進黨在立法院獲得最大黨席位，但受到國民黨在聯盟策略下以51%過半所牽制，維持少數政府對抗多數在野聯盟，行政立法分別由不同政黨掌握呈現「分治政府」狀態，而陳總統掌握實際政權，加上行政院院長在有責無權下等同矮化為總統幕僚，呈現出超級總統制（政策主導權及多數政權），因此才會發生日後企業賄賂陳總統的洗錢貪腐弊案。
其次，由於當時立法院多數黨未提出對行政院院長的不信任案，且總統無權主動解散立法院，以致無法化解政治僵局。2008年，國民黨取得總統及立法院選舉勝利，讓政府體制回到「偏向總統制的雙首長制」運作模式，政治運作雖稍趨緩和穩定，但國民黨內仍爆發諸多的貪腐弊案。
政黨體制和權力結構的改變是台灣政黨貪腐問題生成的導火線。不穩定的雙首長制導致因政黨輪替產生的憲政體制缺陷，同時凸顯了總統與立法院的絕對權力及相互制約力，因此使得行政院變成總統與立法院在發生憲政危機時成為政治鬥爭的標靶，這也是台灣自解嚴後行政院院長頻頻換人重要因素。除此之外，由於憲法中亦有相關規定來限制府院的相對權力，因此深究兩權關係，對於體制的運作傾向行政或是立法，可洞悉黨政過程樣貌，與此同時也清楚的瞭解到兩大黨為了取得利益集團的支持產生激烈的政黨競爭。
現階段台灣大型貪腐事件與政策制定有某種程度的關聯性，黨政過程除了受到政黨輪替變化的影響外，黨政運作及政策執行操作相對在研究政府貪腐上扮演着重要的角色，因此，政黨輪替以及黨政體制的變遷將直接影響著權力結構的改變，而權力結構的改變，對於掌握較大權力的人很容易替利益關係人取得更多的特權與極大利益，也容易導致「絕對權力、絕對腐敗」的發生，同時也讓正常的民主制度無法起到制約貪腐的效果。
誠然，政治不穩定經濟就不穩定，經濟不穩定社會自然就不穩定。台灣憲政結構體制使得「雙首長制」長期處於不穩定狀態，進而導致總統權力與立法院權力結構之間缺乏穩定的制衡。無論那一個總統候選人獲得了權力，必須從人民的思考為出發點，不可自私的只想要所屬政黨來進行組合。換句話說，總統候選人無論誰當選，勢必清楚制定好組閣選人原則，政黨間共同研究如何把「對的人放在對的位置」，總統、內閣與立法院必須要有穩定的制衡不可傾斜。比如說，聯合政府理念的組合是必然性但要深思熟慮，要避開過去國民黨在聯盟策略的前車之鑑避免再一次出現「分治政府」狀態。此外，行政院團隊應該選擇經驗豐富的政黨或人選組合進行分配，立法院應該避免同一政黨過半從而導致政策與貪腐掛勾。最後，從過去的三次政黨輪替過程中均可以發現無論是哪一種雙首長制均無法杜絕「絕對權力、絕對腐敗」現象的發生，這是下一屆領導人必須要審慎思考與努力解決的重大課題。
＊作者為南開大學管理學博士
