日本航空的516航班2日傍晚在羽田機場與海上保安廳的運輸機碰撞起火，幸好機上300多名乘客全員撤離、其中17人受傷；不過海上保安廳準備運送救災物資到震災地點的MA722，機上6人有5人被確認死亡，機長重傷送醫。
日媒《每日新聞》報導，2日下午4時從新千歲飛往羽田的日航516航班，傍晚接近6時左右抵達東京，但該航班在羽田機場與海上保安廳的MA722飛機發生碰撞，隨後引發火勢。日本放送協會（NHK）稱，據羽田機場的監視器畫面，碰撞是在傍晚5時47分左右造成，火勢從當時位於C跑道的日航516航班機身冒出。
國土交通省一名官員對NHK表示，火災原因應該是這架日航的這架空巴A350客機與海上保安廳的飛機在跑道附近相撞所致。日本航空方面的消息指出，當時日航的班機上有367名乘客、12名機組員，379人在發生碰撞後全員撤離，機上人員完全清空。據東京消防廳表示，確認至少有17名機組人員和乘客受傷。
多部消防車趕到現場滅火，總理大臣官邸的危機管理中心在6時5分成立情報聯絡中心，羽田機場也再次事發後關閉所有跑道。目前尚不清楚運行何時會恢復。據成田機場方面表示，由於羽田機場跑道失火，迄今為止，有18個原定抵達羽田機場的航班已經聯絡表示希望改為成田機場作為目的地，成田機場則將逐步接受這些航班降落。
至於海上保安廳的MA722，機上6人有5人一度失聯，僅有脫困的機長重傷送醫。稍晚傳出失聯5人均已確定罹難。海上保安廳指出，這架MA7222日當時在羽田機場起飛，準備將救災物資運往新潟縣的航空基地，支援元旦發生強震的能登半島災民，不料卻在羽田機場與正在降落的日航班機發生碰撞起火。
NHK報導，據位於羽田機場的氣象站「東京航空地方氣象台」表示，事故發生後，下午5時54分觀測到的天氣狀況是晴朗，視程為30公里，風向偏北風，風速每秒3.6公尺，約在600米高空稍微觀察到雲，總體上未對飛機運行造成明顯影響。
乘客：沒有明確的逃生廣播
NHK報導，一家三口共同搭乘516航班的一名女性乘客表示：「發生了巨大的衝擊，我認為降落時的操作相當顛簸，但從未想過會發生事故。後來感覺到有煙味，然而機內廣播只是指示大家身體壓低。在混亂的情況下，並沒有明確的『逃生』廣播。是因為前方的乘客移動，我緊隨其後才成功逃生。」
一名男性乘客事後則表示：「降落瞬間看起來與平時沒有太大差異，但隨後發出一聲巨響，外面瞬間亮起橙色，我看到了火焰。機內廣播告知『請保持冷靜』、『不要拿行李，不要站起來』。原以為煙霧會很快散去，但它逐漸擴散，於是我解開安全帶，以免吸入煙霧。總之，我只想確保孩子的安全。儘管發生這樣的事故，但慶幸我們都平安無恙。」
