不過施明德出獄不久後，又因推動總統直選，與林義雄、許信良等人率領群眾發動靜坐，被控違反集會遊行法，遭判拘役50天，並在1997年以立法委員的身分入獄超過40天。
「台灣本來就是主權獨立國家」
施明德在1994年民進黨擔任黨主席，並於隔年主張「台灣已經是一個主權獨立的國家，民進黨執政，不必也不會宣布台灣獨立」。2000年，民進黨首次執政、完成台灣首次政黨輪替之後，施明德選擇退黨。
回顧施明德的政治運動生涯，不得不提的便是他在2006年時，因不滿陳水扁政府及身邊親信涉貪，發出公開信要求陳水扁「鞠躬下台」，隨後在短短7天獲得百萬人捐款，並號召民眾穿著紅衣，走上凱達格蘭大道、台北車站靜坐示威。
這場「紅衫軍倒扁行動」持續長達數個月，雖然一度有激進派要求展開佔領總統府等行動，但施明德堅持和平、不流血原則。
上週在台灣總統大選前，各政黨紛紛舉辦大型造勢活動的同時，也有不少台灣網友討論台灣政治史上，聲勢最大的活動為何，其中就有不少人提及這場紅衫軍行動。
台灣資深媒體人陳文茜15日在臉書寫道：「您是台獨人士的英雄，您坐牢26年，您是台灣的曼德拉。但您沒有享受權力，讓推動政治改革的心停下來。您希望台灣政黨輪替……中華民國有自己的總統，政府，軍隊……台灣沒有必要宣布台灣獨立。」
施明德雖然在倒扁行動後漸漸淡出台灣政壇，但過去多年來依然持續為台灣多項社會運動表態，包含兩岸關係，兩岸服貿協議引發的「太陽花運動」，台灣同志婚姻等議題，終生為民主、自由及人權發聲。
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