1984年，施明德在獄中宣佈無限期絕食抗議，他後來披露曾歷經四年半的絕食抗議。1987年，蔣經國宣佈台灣解嚴，隔年蔣經國病逝。
李登輝繼任總統後，在1990年宣佈「美麗島事件」判決無效，施明德因此結束絕食，獲得無罪釋放，結束了長達26年的政治牢獄。施明德出獄後，代表民進黨在1992年首次當選立法院委員，之後擔任過四屆立委。
根據台灣中央社分析，1994年施明德出任民進黨主席，是他的政治生涯第一個權力高峰。他協助戰友、當時民進黨崛起的政治明星陳水扁拿下首都台北市市長，民進黨政黨支持度上首度超越國民黨。當時，他認為在野的民進黨應與其他在野黨聯合併挑戰李登輝。
1995年，施明德與許信良及陳文茜等同黨同志，提出與以「外省族群」為主體的台灣統派政黨「新黨」合作，拉下國民黨以建立聯合政府，他邀請新黨趙少康等人會面喝咖啡，該會談被稱為「大和解咖啡」，震撼台灣政壇。
但施先生的提議旋即遭致民進黨黨內「獨派」與不同派系激烈反對，計劃宣告失敗；但他當時積極推動民進黨「轉型」，希望與中產階級及知識分子選民親近，並宣告民進黨執政不必宣佈「台獨」等等，仍一直影響著民進黨。
1996年，台灣首次民選總統，李登輝以壓倒性優勢獲勝，施先生因此辭去主席職務。2000年，陳水扁當選總統，但民進黨在立法院是少數黨，台灣首次面對「朝小野大」的情況。
施明德再次提出民進黨在立法院組成執政聯盟以穩定政局，未被同黨同志採納。不久後，施明德便宣佈退黨，之後持續對民進黨政府提出嚴厲批評。
2006年，施明德帶領台灣「百萬倒扁紅衫軍」與在野黨一起要求時任總統陳水扁下台，抗議活動震撼兩岸。
之後，施明德雖然也在2008年支持民進黨參與總統大選，但早與民進黨昔日戰友越走越遠，甚至在法院與多名過往同志打妨礙名譽或誹謗官司，與許多人決裂。不過，施先生同當年一同坐牢的民進黨「新潮流」大老陳菊晚年仍是好友。
2022年，施明德曾提出「金門馬祖和平特區」建議，認為台灣應全面徹底從金門和馬祖撤軍，創建非軍事區和和平區，以切斷兩岸戰爭引信。
去年，施明德出版《金馬是引信，亦是誘餌》一書，又呼籲中國同意與台灣合作，共同將廈門、金門、平潭和馬祖打造成永久的非軍事區和和平特區，成為兩岸交流的新樣本，促進和平穩定的兩岸關係。
施先生晚年的政治理念及規劃，多數並不為兩岸各大黨接受，亦未在台灣輿論引發太多漣漪和討論。
施明德一生衝撞極權體制、大破大立，他獻身台灣民主運動，是台灣當代政治史上不可忽略的政治人物。
