馬英九2008年上任總統時，面臨東亞與東南亞各國經貿整合腳步非常快速的急迫狀況。東協加中國（ASEAN 加1）在2002年簽署的 CECA（東協︱中國全面經濟合作架構協議），從2010年1月1日起，11個國家迅速形成一個自由貿易市場，他們彼此之間九成以上的貨品貿易不用課關稅；韓國和日本當時也積極和中國在洽談自由貿易協定（FTA），東協加上日本、韓國、中國（ASEAN 加3）等13個國家在2015年將形成一個更大的自由貿易市場，ASEAN 加3的經貿協定區域內相互間大部分產品的關稅稅率都會降到零；而韓國又是台灣的主要貿易對手，當時韓國和台灣出口到大陸的產品相似度重疊性高達8成；當時台灣出口到大陸和東協十國佔台灣總出口的55％。因此，相關研究指出，東亞和東南亞快速形成的區域經濟整合將會對台灣的出口經濟造成嚴重衝擊，舉例來說，當時台灣出口到中國大陸的產品，在關稅方面，台灣石化業要多繳7％的關稅，機械業要多繳10％，汽車零組件產業要多繳25％。現實是，從1960年代起，數十年來台灣的經濟成長動能主要來自於出口，到了2008年，台灣出口佔 GDP 的7成以上。事實上，在2002年陳水扁執政時代，大陸就已經成為台灣最大的出口市場，超過了美國市場，佔台灣總出口的40％。
當面對全球範圍和區域間都紛紛在簽訂雙邊或多邊的 FTA，到了2008年，國際間洽簽的 FTA 已達230個。台灣的產業界有急迫感，認為台灣產品有被世界市場和大陸市場邊緣化的危機，出口競爭力會大幅下降。因此，馬政府評估和中國大陸簽訂「兩岸經濟協定」，以降低或減免產品到大陸被課徵進口關稅，有其必要性和急迫性，否則將導至台灣出口嚴重衰退，因為大陸是台灣最大出口市場，進而會造成企業進一步的出走潮，和可觀的失業人口。
約在2000年前後，全球開始逐漸興起簽署雙邊 FTA 的熱潮，面對此一現象，陳水扁執政時期就想過要推動和其他國家洽談 FTA。2000年，剛好賴幸媛受聘到國安會擔任諮詢委員，依國安會法定職權，諮詢委員直屬的老闆就是總統。賴幸媛剛到國安會，即積極建議總統陳水扁，台灣應該先找新加坡試探洽簽 FTA 的可能，因為新加坡以服務業取勝，台灣以製造業見長，台星之間的貿易關係不形成激烈競爭，新加坡沒有農業，對台灣需要保護的農業產業不會造成傷害，因此雙方簽 FTA 的互補性強。如果第一個例子成功，未來和其他國家洽談的可能性會提高。但是要推動該案必須高度機密，消息不能外洩，否則會遭對岸打壓。
