深澳燃煤電廠更新擴建環差案自3月通過環評以來，民間反彈聲浪不斷，開發案的健康風險評估是台電的環差報告中所缺乏的，也是外界高度重視一環。如今面臨大選前夕，反深澳的環團除卻再度要求縣市首長、民代候選人對深澳議題表態，更拿出民間學者自行評估的報告為證，直指深澳電廠倘若營運，將導致576人死亡、全台PM2.5年均量上升。
回顧3月14日環評大會當日，環評委員爭論近4小時仍無共識，最後決定進行不記名投票，原先「審核修正通過」和「就變更內容重辦環評」票數呈8:8平手，孰料環保署副署長詹順貴投下關鍵的一票，最後以9:8全案審核修正通過。這樣的結果引起輿論軒然大波，繼深澳生態、健康危害後，環評制度的缺失也引發外界熱議。
深澳燃煤電廠的舊機組自1960年開始營運，因機組老舊、發電效率過低於2007年除役，2006年台電遂提出擴建機組的環說書，同年順利通過，環評內容可概略分為「舊廠拆除」及「新廠建廠」兩大工程，開發位置包含番仔澳灣與深澳灣。其中舊廠早已拆除完畢，原先規劃興建的2座80萬瓩燃煤超臨界機組，雖曾在2010年短暫動工，卻因當地居民強烈反對而作罷。
爭議一：環差報告程序瑕疵
現在台電挾此案捲土重來，將所有海域設施搬到深澳灣，其餘開發內容也有所變更，故向環保署提出「環境影響差異分析報告」（簡稱環差報告）。但蠻野心足生態協會專職律師蔡雅瀅指出，台電把卸煤碼頭等海域設施移到深澳灣，又要新增海水淡化廠、備用灰倉，和95年通過環評的版本相比變動幅度大，理應視為新案辦理環評。
另外蔡雅瀅認為，據《環境影響評估法》第16之1條，開發單位通過環評、取得開發許可後，3年內沒有沒有動工，台電需辦理環現差，也就是依當前時空的環境背景重新檢視過去的開發計畫。但台電卻主張曾在2010年小幅動工，來規避環現差。
再者，開發區範圍高度重疊瑞芳保育區，而瑞芳保育區屬於海岸管理法規定的一級保護區，蔡雅瀅援引《環評法施行細則》第38條規定，「對影響範圍之自然保護環境有加重影響之虞」、「對環境品質維護有不利影響者」，重申台電應該重辦環評。不過環保署回應，台電的環差報告和2006年的環說書相比，已然大幅降低開發面積和污染量，因此不適用前述第38條。
爭議二：未知的健康衝擊
為讓深澳電廠擴建案起死回生，台電在去年依法提出環差報告審查。台電此案最大爭議之一，在於缺乏開發案的健康風險評估，也就是說，蓋設深澳電廠究竟會使哪些地區、多少人民的健康，受到什麼程度的危害，實屬為止，數月來這一直是正反雙方攻防的主軸。
