面對朝野黨團及立委的提案，立法院秘書長周萬來於書面報告指出，無論聽證調查與文件調閱，或調查權之行使，依憲法法庭釋字釋字585號解釋意旨，文件調閱即為調查權重要方法，兩者是否分別規範，或於專章內統一規範，涉及章內各條條文規範，屬立法政策的選擇，尊重立委合議決定。
國會調查權如何行使？藍白範圍廣 綠限公部門
除了對執行調查、調閱權單位的名稱與構成等構想不同，在權限上無論是國民黨團、民眾黨團，均主張調查或調閱範圍不僅行政機關，還包括相關的法人、人民團體或個人，且在國民黨團版本，以及藍委吳宗憲個人擬具連署的版本中，更提及除了經立法院長認可的國防、外交機密理由，經立法院決議後，相關人員不得拒絕，並應詳實答覆。
不過，有關執行調查、調閱權單位權限，在民進黨團版本中，則主張僅得要求機關或機構提供參考文件，且不得侵犯其他國家機關獨立行使職權的權力、行政首長就特定機密的行政特權，更不得對訴訟裁判確定，或訴願事件尚未明確前的處置及卷宗行使調查或調閱權，並提出得經委員會或小組決議，展延或限縮受調查機構提供文件的期限。
若國會行使調查權的單位不願配合、隱匿或拖延，民眾黨團主張開罰3至30萬元罰鍰，不服者可在2個月內向高等行政法院提出行政訴訟，國民黨團則提議處1至30萬元罰鍰，且得按次連續處罰，楊瓊瓔則主張處20萬以下罰鍰；但民進黨團主張維持現行法規，僅得移送監察院，依法提出糾正、糾舉或彈劾。
對於國會調查權的行使，周萬來於書面報告提醒，各黨團及立委提案，多認為行政首長的行政特權，或政府機關受《憲法》保障的獨立行使職權，得列為拒絕證言或提供資料的正當事由，但相關爭議處理方式卻尚未明定，為減少未來行使調查權產生衝突與疑義，或可考慮規範爭議處理方式；而不配合調查的處罰，立法上若以刑事罰，恐抵觸釋字第585號解釋，可考量區別單純不陳述遲滯調查或誤導調查的輕重情狀，就故意誤導調查進行者，予以高度罰鍰。
聽證會討論什麼？藍提人事同意案 綠白另有主張
關於國會聽證制度，依國民黨團提案，無論是各委員會或調查小組議案，及院會為補選副總統、彈劾總統副總統或審查行使同意權案，皆得舉行聽證會，民眾黨團則主張聽證調閱委員會或小組，得就特定議案要求相關人員到會備詢並提供參考資料；但在民進黨團版本中，調查委員會僅得經院會就「憲法賦予裡法院之職權有重大關聯者」決議成立，且除資料調閱，僅得舉行調查公聽會，邀集機關、機構或學者專家表達意見。
