民國102年（2013）11月間，立法院司法及法制委員會為了審查通訊保障及監察法部分條文修正草案等法律案，依立法院職權行使法第45條規定，向最高法院檢察署調閱該署100年度特他字第61號偵查卷證之通訊監察聲請書、筆錄、監聽譯文、公文等卷證文書影本及監聽光碟片。
最高法院檢察署認為，依照釋字第325號、第585號解釋意旨，檢察官的偵查屬於對外獨立行使職權，應受憲法保障。而且，偵查卷證屬於偵查行為的一部份，是偵查不公開的事項，不在立法院可以調閱的範圍內。
就算在案件偵查終結後，如果檢察官有違法、不當情事，也應該由監察院調查。立法院只能在制度、預算、法律等事項對檢察機關進行通案監督，沒有介入個案、調閱偵查卷證的餘地。所以，最高法院檢察署便拒絕向立法院提供所調閱的卷證。
司法及法制委員會遭到拒絕後，認為檢察總長迴避監督、藐視國會，因而函送監察院調查。最高法院檢察署於是主張，本於行使偵查職權而與立法院調閱文件之職權發生適用憲法爭議，報請上級機關法務部層轉行政院，聲請解釋憲法暨統一解釋。
司法院大法官釋字第729號解釋
最近，大法官對「立法院得否調閱檢察機關之偵查卷證」爭議做出了釋字第729號解釋。解釋文謂：「檢察機關代表國家進行犯罪之偵查與追訴，基於權力分立與制衡原則，且為保障檢察機關獨立行使職權，對於偵查中之案件，立法院自不得向其調閱相關卷證。立法院向檢察機關調閱已偵查終結而不起訴處分確定，或未經起訴而以其他方式結案之案件卷證，須基於目的與範圍均屬明確之特定議案，並與其行使憲法上職權有重大關聯，且非屬法律所禁止者為限。如因調閱而有妨害另案偵查之虞，檢察機關得延至該另案偵查終結後，再行提供調閱之卷證資料。其調閱偵查卷證之文件原本，或與原本內容相同之影本者，應經立法院院會決議；要求提供參考資料者，由院會或其委員會決議為之。因調閱卷證而知悉之資訊，其使用應限於行使憲法上職權所必要，並注意維護關係人之權益（如名譽、隱私、營業秘密等）。本院解釋應予補充。」
本號解釋是對第325號解釋的補充。對照發現，其補充之主要部分有二：（1）向有關機關調閱文件，須經立法院院會決議，而且不因為調閱之範圍或文件為影本或原本而在程序上有所不同。（2）向檢察機關調閱已偵查終結而不起訴處分確定，或未經起訴而以其他方式結案之個案卷證（文件），其卷內證據資料，如果和檢察官續查同一被告或其他被告、其他案犯罪有關，倘因調閱而洩漏案件內容，將有妨害其他案件偵查追訴之虞者，檢察機關可以延至其他案件偵查終結提起公訴、或不起訴處分確定、或未經起訴而以其他方式結案後，再行提供調閱卷證。
