釋字第729號解釋不同意見書（陳碧玉大法官）
惟刑事訴訟案件，係以被告及犯罪事實所構成，同一被告之同一犯罪事實為一案件；若同一被告不同犯罪事實、一個犯罪事實有多名被告或多個被告多個犯罪事實時，則為不同之數案件，僅於程序上檢察官得以同時起訴或得由法院合併管轄、審理（刑事訴訟法第六條、第七條及第二百八十七條之一參照）。是以，檢察機關獨立行使偵查權之時點，應依具體個案而定。於該個案經不起訴處分確定，或未經起訴而以其他方式結案時，檢察機關就該個案之偵查權即告終止。
檢察官續查同一被告或其他被告其他案件犯罪相關者，乃是不同案件的偵查，與「已偵查終結經不起訴處分確定，或未經起訴而以其他方式結案」的個案不屬同一個案件。就此已偵查終結的個案，檢察機關沒有獨立行使偵查職權受憲法保障的立場可言，也不適用於刑事訴訟法第二百四十五條第一項偵查不公開原則。也就是說，檢察機關不應該將偵查不公開原則延續至其他案件，憑藉行政特權，拒絕提供卷證。
釋字第729號解釋協同意見書（李震山大法官）
再者，憲法保障檢察機關的「偵查與追訴犯罪之相關卷證不得任意公開」權利，到底是基於「行政特權」還是「司法特權」？不同的定位，對釋憲者的立場與態度影響很大。因為「行政特權」與「司法特權」對檢察獨立保障的效果固然接近，但若因此就認為，檢察機關的偵查與追訴犯罪行為應受到憲法對「審判獨立」同樣規格的保障，在這種倒果為因的推論下，常會以「司法獨立」替代「檢察獨立」為擋箭牌。這樣一來，除了提高民意監督的困難度，當「檢察獨立」遭受指責時，必然會殃及「審判獨立」，有損人民對司法的信賴。
更重要的是，「行政特權」與「司法特權」的辨明，應有助於解開長來已久所形成的「剪不斷理還亂」、又常指鹿為馬的「廣義司法機關」糾結。例如，至今法院組織法還設有「檢察機關」一章、各檢察署冠上法院名稱、法官法納入檢察官一章，以及司法院下有「法官學院」、法務部下設「司法官學院」等，一連串既難分又難捨的現象。
檢調公權力極大，倘若不慎，將如秋霜烈日般傷人
法官權力大如虎，但這老虎卻被關在籠子裡，唯一能決定要送哪些食物進籠子的，就是檢察官。日本檢察官執行職務時配戴的「秋霜烈日」徽章，即是以秋天凜冽的寒霜，和夏天熾熱的烈日來提醒檢察官，行使權力若稍有不慎，就會如秋霜烈日般傷害到被告、被害人、辯護人乃至社會大眾。因此，行使檢察官權力，務必要戒之、慎之。
釋字第729號解釋增設國會文件調閱權的憲法要件，固然有助於釐清相關權力行使的界限，只是解釋文容易使人誤會檢察機關的偵查與追訴犯罪行為亦受憲法「審判獨立」同樣規格的保障。而且，就國會文件調閱權各該涉及抽象概念之界限詮釋與遵守的爭議機關，仍難免各堅持己見，形成互不相讓的僵局，大法官卻只於文末諭示：「主管機關應儘速建立解決機關爭議之法律機制」，這樣一來，恐怕已埋下將來爭議衝突的導火線，更可能讓檢察官拿本號大法官解釋當靠山恣意拒絕提供卷證，成為違法濫權的新棲息地。
＊作者為執業律師（原文刊載於《法操》。）
