還有未來一定會處理地下教會的問題，今年元月時香港榮休的樞機主教陳日君趕赴梵蒂岡為兩位地下教會主教「陳情」，這兩位主教（汕頭教區的莊建堅與閩東的郭希錦）被要求「退位」，讓地上教會的主教來領導教區，達成所謂地下與地上教會合一的目的，這個模式一旦成立，未來就是在處理地下教會問題就會比辦理。（此舉等於逼迫地下教會現身，這些教友一直忠貞於羅馬教宗，如今被迫要向迫害他們的中共與官方教會共融，對很多地下教友來說是很難接受的，他們極有可能離開教會繼續保持地下的信仰，而不願意與地上教會共祭共融。）教宗方濟各在接見陳樞機時曾提到不希望「敏真諦」主教（匈牙利教會主教曾遭匈共政府迫害而流亡）事件再度出現，然而不久，國務院即發表「不點名」批判陳樞機的聲明，這個事件已透露出中梵主教協議早就完成談判，今年三月要簽署的傳言就不斷被媒體報導。
就在雙方代表在梵蒂要準備簽署之前一天，大陸閩東教區地下教會主教郭希錦被公安帶走，禁止他主持復活節期間的一切禮儀，經外國媒體披露，教廷抗議之下，24小時郭主教被釋放回家。而簽署主教協議在這樣的氛圍下被迫叫停，雙方關係陷入僵局。（地下教會主教或神職人員隨時都有可能被帶走或「被失蹤」，這也會是未來處理地下教會問題時很棘手的爭議點）
可以說教廷國務院一直都是推動與中國和解與建交的主流派，主要人物就是國務卿帕羅林樞機主教，在今年5月9-14日台灣天主教主教團七位主教赴羅馬向教宗述職時，主教團主席台北教區洪山川總主教就曾在記者會提到台灣與大陸是兩個教會，雖然當面邀請方濟各教宗來台訪問，然而，宗座表示「不會放棄台灣」，不過並未明確表示要來台北。6月23日港澳地區三位主教向教宗述職時，就曾觸及到中梵主教協議等問題。香港教區榮休的湯漢樞機一再撰文談到中梵主教協議已有突破，可以看出來，教廷國務院就是利用香港教區的特殊地理環境向兩岸與全球華人釋放氣球來測風向，台灣教區明顯地被邊緣化！
6月20日時教宗對於中梵即將簽署主教議時就一再向媒體強調並沒有背棄中國地下教會，他對路透記者表示中梵可能達成一致表示樂觀。他表示，「對話是一種風險，但我更喜歡風險，而不是因為沒有對話而導致的失敗。」這個訊息其實也反映在梵蒂岡即時新聞（Vanticon News）網路電子報測試版5月2日起至7月17日發表了「與中國對話」系列文章七篇（分八集發表），詳細說明教廷為何要與北京對話，很明顯地就是在和教友說明教宗動和中國建立新關係的用意與用心，並且對中共釋出善意，所以六月時的談判氣氛開始轉變，因此，九月這回談判之前就再度傳出主教協議即將簽定的風聲來。
