金廈水域事件導致兩岸情勢更為嚴峻，中國宣稱不存在禁限制水域問題，國民黨立委陳永康為此提出「台灣地區與大陸地區人民關係條例第二十九條修正草案」，希望將現行的禁限制水域公告，由國防部改為海委會，確定其司法行政屬性，並於今（26）日舉行公聽會。不過，對於陳永康的提案，陸委會則認為須由各部會協調，但差距不大，海委會也說，涉及國安問題，不是海委會權責。
中國快艇越界闖入我禁限制水域，造成2死意外引發兩岸問題更為緊張，然中國國台辦則稱金廈海域不存在禁限制水域，中國海警也宣布在該海域展開常態化執法巡查行動。當時，陸委會則強調，金門地區限制、禁止水域早在1992年由國防部依據兩岸條例劃設且歷經修正公告至今，雙方執法機關都依此進行相關水域執法工作，還據此多次展開執法及海上救難合作，這個歷史事實及現狀不容否認。
針對禁限制水域問題，國民黨立委陳永康提出「台灣地區與大陸地區人民關係條例第二十九條修正草案」，並在今日於立法院舉行公聽會。陳永康提案，台灣地區限制或禁止水域公告，由現行國防部改為海洋委員會；太北飛航情報區限制區域，維持由國防部公告；金門、東碇、烏坵、馬祖、亮島、東引地區周邊水域的司法行政事項與大陸地區協議，由陸委會會同海委會，委託海基會代表中華民國政府，與大陸海峽兩岸關係協會協商簽署協議。
陸委會：改為海委會公布需要各部會協調
對此，陸委會副主委梁文傑回應，禁限制水域台灣已經劃設30幾年，現在為了要因為個別事件，拿水域範圍和對方協商，希望對方能夠承認，在政府立場上，並不適合，至於陳永康提出的由國防部改為海委會公布，需要行政院各部會協調，但其實差距不大。
海委會海域安全處長黃宣凱則說，依照兩岸條例32條第一項，以及兩岸人民施行細則，海巡署是依照前述法令在今夏水域或是進限制水域執法，都有法律效應，這是無庸置疑，而在去年，海巡署在金門地區扣留34艘、驅離609艘次中國漁船，所以在這水域執法沒問題。另外是否改為海委會？因為涉及行政院各機關，民國81年公佈時，是由國防部公告，是考慮到國家安全及國防考慮，才指定由國防部，所以要變更，涉及到國安問題，已經不是海委會權責。
淡江大學戰略研究所教授黃介正指出，不論現行條文還是修正條文，台北飛航情報區限制區域，並未如列台北飛航情報區，FIR是國際名行組織所認證，對於FIR本身來講，有國際規範，以他理解，是台北飛航情報區裡面的限制區域，所以是由國防部公告，在FIR區域內，哪些是國防部認定的限制區域？FIR有些是超出我們領空，在超出的區域如何劃設限制區域，以及能否獲的其他國家同意？禁限制區域因為是三度空間，並不是平面概念，跟空軍所運用的空域，是否有明確界定，至少目前有缺這塊，是否洽請國防部研議？
黃介正也說，禁限制水域不完全是法律問題，提出修正案用意，是希望做兩件事，第一，針對進限制水域的法律效益能透過修法更明確，是有利於我們主張宣告，另外，梁文傑所提到，是否更換公告主管機關，行政院有自己運作，但我們在外離島，東沙、太平，由海軍陸戰隊去守，改為海巡守，從軍事機關改為執法機關，會有更正面意義。
政治大學國際關係研究中心教授劉復國指出，現在中國正式否決禁限制水域，等於我方在法理上，已經要做調整階段，中共已經公告他們的領海基線，涵蓋了金馬地區，但我方在先前政府，在中華民國領海中並沒有把金馬畫入領海，雖這有法的基礎，但最重要是兩岸政治問題。
劉復國強調，陸委會雖說要恢復兩岸默契，但目前大陸已經完全否定掉，如果陸委會有規劃，可以再說明，但目前觀察，要進一步協商有難度。建議從軍事管轄性質改為司法性質，是有利我們主張，所以才提出轉為海委會海巡署，不過到底要不要轉、需不需要轉，還要協商。如果禁限制水域線不動，至少把軍事性質轉為司法管轄性質，就像梁文傑說，兩岸最終要面對面談，到目前為止，我方傳達出兩岸和平訊息非常重要。
