儘管多數立委看似都支持修正為檢察官保留，但民進黨立委莊瑞雄、國民黨立委羅智強等人均憂心，網路流量紀錄仍應是《憲法》保障的資訊自主權，應定明調取是否屬於通信監察，若是就要明定救濟，且應具有告知義務；不過，鄭銘謙強調，網路流量紀錄並非通信內容，僅是數位軌跡，法務部常務次長黃謀信則補充，現有偵查作為也並非所有都要告知，這涉及到層級化保障問題。
NCC允諾配套修法 法務部1周內送成本初估報告
依照今日委員會初審完竣條文，電信事業、設置公眾電信網路者及郵政事業，皆有義務配合執行通訊監察機關，使用自家事業通訊監察相關設施與人員，並有義務配合建制機關建制，及維持通訊監察系統，而相關作業必要費用，由目的事業主管機關會商有關機關訂定公告；而電信事業及設置公眾電信網路者，還有保存及協助執行調取通訊使用者資料、通信紀錄及網路流量紀錄的義務。
不過，黃國昌質疑，此次修法訂定電信業者保留通信紀錄、網路流量紀錄的義務，卻僅對《通保法》進行修正，在《電信管理法》的相關規定未配套修正，恐致電信業者相關義務規範的法令破碎，建議國家通訊傳播委員會（NCC）應在立法院會處理前草擬附帶決議，需在《通保法》修正通過後，再對《電信管理法》進行配套修正；NCC法律事務處長蔡志儒允諾，將納入修法考量。
莊瑞雄則提醒，電信業者保存數位軌跡的時長，以及保存需要多少費用等，法務部應都要有初步規劃；黃謀信說明，行政部門對費用及保留期限都已有初步評估，電信業者也已提出成本試算。對此，黃國昌、鍾佳濱要求，既然業者都已交出評估報告，此事涉及未來審查預算時的成本，法務部能否將相關資料交給委員會參考？黃謀信答覆，將在1周內提供將業者去識別化後的相關文件。
附帶決議要求考量調取通知 綠委促3個月內提子法
初審條文規定，網路流量紀錄系統的設置方式、保存方式、保存期限、查詢作業程序、調取項目、監督、費額及其他相關事項辦法，將由法務部會同內政部並會商NCC及相關機關訂定子法；委員會今日也通過附帶決議，指鑑於調取網路流量紀錄對於人民隱私權及資訊自主權有所干預，除事前採法官保留，並應有事後監督及控管機制以落實人民基本權之保障，爰請法務部與司法院針對調取流量紀錄相關通知、救濟及加強監督等程序，於子法內通盤考量。
吳思瑤質詢時表示，此次《通保法》修法雖不涉及通信內容的調取，但對人民隱私的影響還是不可說不大，通常子法會在母法通過後6個月內提出，可若法務部無法更早提出子法的方向，或允諾子法提出的時程，「我們要授權給你，連我是執政黨的委員，我都覺得有所保留」、「你要先讓我們知道，安我們的心，否則就是一個空白授權」。
