自詡為「澳門模式」的創制者、時任陸委會主委的吳釗燮曾表示，「澳門模式」是兩岸官員直接對話，海基會與海協會的管道不再重要，因為兩岸協商已經非常複雜，超越兩岸兩會當初扮演的角色。他還說，「澳門模式是完全沒有門的時候所開的一扇門」，兩岸之間的協商，門一旦打開，就很難關上。昔日擔任陸委會主委的吳釗燮，今已是執掌國安會的龍頭。
鳥去鳥來山色裡：只適用低階事務
然而，民共之間從「澳門模式」到「金門模式」，仍有其三大限制：
一是只能處理低階的事務性商談：因為北京當局與民進黨政府缺乏互信基礎，「澳門模式」也僅能就春節包機、陸客來台等個別問題取得局部共識，並無法開展兩岸三通直航的談判。「金門模式」雙方簽署的也只是事件經過的陳述，以及台灣官方對家屬的致意。
二是談判過程不透明，易受中間人左右：制度化協商管道停擺，談判過程更不透明。國民黨是透過兩岸兩會（海基會、海協會）的白手套。在大協商時代，每次會談都會先確定商談議題，兩岸談判細節都會被放大檢視。但從金廈海域爭端的談判可見，由於兩岸官方無法直接談判，容易受制於中間人左右談判過程和簽署結果。
三是缺少制度化管道，溝通上曠日廢時：北京想要把0214金門翻船事件，與具有軍職身分的胡姓釣客迷航事件、澎湖籍漁船「大進滿88號」涉嫌越界捕魚事件，這三項議題相互掛鉤。但我方想要脫鉤，個別處理。雙方之間都要透過中間人傳話，溝通成本奇高無比，時間拖到6個月。最後還是捱不過北京的主張，要回過頭來解開最初的那個結。
從「澳門模式」到「金門模式」，民共之間看不出有太大突破，因為互信基礎薄弱，這扇門反而越開越小，只能說小有進展，而且「金門模式」是只有一次性，還是可以把個案化成通案，形成制度化，還有待觀察。
人歌人哭水聲中：白手套用完了嗎？
事實上，北京當局最近有意在台海和南海同時降溫。中國與菲律賓對於近來對擱淺南海的「馬德雷山」號登陸艦爭執不休，最近中、菲兩國就管控仁愛暗沙局勢進行磋商，並就運補人道主義生活物資達成臨時性安排。中菲之間對擱淺軍艦的臨時性安排，如同在兩岸針對金廈海域爭端所達成的共識。
賴清德時期開創出「金門模式」，作為解決金廈海域爭端的管道。民進黨和共產黨之間邊吵邊談，用了最後的白手套，摸索出新的談判模式。但是這一條窄路，只能處理很低階的事務性事件，而且如此吹彈可破的脆弱「共識」，遇到重大爭端時，比如說，當中國海警再度強行登台船臨檢時，「金門模式」能夠解決爭端嗎？
