因應韓國爆發MERS疫情，馬英九總統5日召開「因應MERS疫情國安高層會議」，聽取衛福部、疾管署等相關部會報告。會中除決議維持現行防疫等級，仍由衛福部統籌指揮外，馬英九下達「邊境檢疫、院感管制、國際合作、風險溝通」指令，尤其要求行政院針對MERS議題，加強國際合作。
總統府5日為MERS疫情召開國安高層會議，由行政院長毛治國率衛福部、疾管署、外交部、內政部、移民署、警政署、交通部、民航局、觀光局、國防部、教育部、陸委會、退輔會及海巡署等相關部會首長出席，就近期防疫作為進行報告。
衛福部在報告中指出，我國在5月22日即成立因應小組，監控疫情發展；在針對韓國入境人員防疫措施方面，衛福部已修訂通報病例定義，納入「首爾醫院出入史」，針對韓國入境航班進行廣播宣導，入境旅客全面發放健康管理須知，必要時進行登機檢疫。
內政部移民署與警政署已配合衛福部與相關機關，加強機場、港口等邊境控管措施；交通部也於台北、台中及高雄航站進行每日定時消毒，針對南韓班機入境動線進行全面消毒。
馬英九在聽取報告後裁示，政府各相關單位加強各項防疫作為，務必強化「邊境檢疫、院感管制、國際合作、風險溝通」等因應作為，嚴密監控疫情發展，必要時將成立中央流行疫情指揮中心。
馬英九指示，現階段仍維持先衛福部統一指揮，行政院則密切掌握疫情發展，適時提高指揮層級；鑑於台灣與中、韓國等鄰近國家往來頻密，衛福部應提前部署及盤點各項防疫資源，並聯繫各部會展開防疫演練。
除要求掌握疫情發展外，馬英九不忘要求行政院藉MERS疫情，強化國際合作。馬英九表示，我國自去年以來積極參與伊波拉疫情的國際援助，獲得美國高度肯定，可藉此再就MERS議題加強國際合作，以善盡我國作為人道援助提供者的角色。
