而以色列在軍事上的所向披靡，也催生了內部強硬派的崛起，隨之而來的，還有愈發嚴重的定居點問題。1967年以色列佔領約旦河西岸、東耶路撒冷後，猶太定居點問題開始發酵，即便1993年《奧斯陸協議》（Oslo Accord）簽署後，西岸在巴勒斯坦權力機構（PA）統治下實行自治，以色列定居點的數量還是持續增長，西岸也因此被切割成無數破支離碎的「陸上島」。
這種情況看在巴勒斯坦人眼中，當然會認為是對本族領土的非法佔領，更是對巴勒斯建國基礎的不斷蠶食鯨吞。但以色列社會的持續右轉、政壇右派的崛起，都讓如火如荼的定居點運動缺乏制衡，巴勒斯坦權力機構也因仰賴以色列稅收與歐美援助，所以被迫忍氣吞聲、任人宰割，巴勒斯坦民眾與猶太定居者的暴力衝突則反覆上演。截至2023年，居住在西岸的以色列定居者已超過70萬人，居住在東耶路撒冷的定居者也超過22萬人。
而在以色列內部強硬派茁壯時，巴勒斯坦內部的路線鬥爭也愈發分明，並且同樣走向了強硬派崛起。
1964年巴勒斯坦解放組織（PLO，簡稱巴解）成立，並在之後幾年逐漸成為巴勒斯坦人的談判代表，強調通過武裝鬥爭和外交手段來恢復巴勒斯坦人的權利，建立獨立的巴勒斯坦國。1993年，巴解領袖阿拉法特（Yasser Arafat）與以色列簽署《奧斯陸協議》，成為巴方同意通過和平手段解決衝突的里程碑，「兩國方案」因此再現曙光，巴勒斯坦權力機構也在這個脈絡下成立，開始管理部分巴勒斯坦自治地區，巴解的代表地位則因此鞏固。
但這個嘗試沒有獲得立場強硬的哈馬斯（Hamas）支持，後者也因此在協議簽署後，還不斷對以色列發動大小襲擊；不過以色列的情況也是半斤八兩，不僅無法阻止定居點擴張，最終也未能依照協議完整撤軍。雙方的陽奉陰違、強硬派勢大，都導致了和平進程的原地打轉，而諸如邊界劃分、難民回歸、東耶路撒冷地位等核心問題，則遲遲得不到談判解決。最後各方血仇持續積累，「第二次大起義」於是在2000年爆發，奧斯陸協議從此進入「腦死」狀態。
接著哈馬斯與法塔赫（Fatah，巴解內部最大派別）的分裂，更讓本就難解的以巴衝突雪上加霜。長期以來，哈馬斯都拒絕承認以色列的合法性、反對「兩國方案」，主張通過武裝鬥爭來解放巴勒斯坦全部領土，並也因此聚攏大量民心，威望逐漸壓過軟弱的巴勒斯權力機構。2006年，哈馬斯在巴勒斯坦立法機構選舉中勝出，與法塔赫的鬥爭也正式浮上檯面，最後在國際拒不承認哈馬斯、法塔赫與哈馬斯爆發軍事衝突的背景下，雙方正式分裂：哈馬斯實質掌控加薩走廊，法塔赫主導的巴勒斯坦權力機構則繼續控制西岸。
