立院職權行使法（國會改革案）憲法法庭做出釋憲判決，關鍵條文多屬違憲或部分違憲，引發在野猛轟；修法後，立法院司法委員會也邀請祕書長周萬來報告並備質詢。民進黨前立委林濁水表示，周萬來稱西方國家沒聽過什麼反質詢，「深藍議長任命的秘書長有此風骨，大值得稱讚了。」
針對民眾黨立委黃國昌問及對國會改革憲判的看法，周萬來28日在司委會中坦言，若是拋除祕書長的角度，他認為是「過大對立法權的限縮」。他也特別提到大法官朱富美的不同意見書，指其認為權力分立的關鍵要包含制衡，「這也是我長期以來的主張。」
近來對釋憲結果連發數文批判的林濁水，31日在貼文中表示，在立院職權法爭議中，周萬來說西方國家沒聽過什麼反質詢、也沒有質詢總統的，有此風骨值得稱讚。林濁水還提到，秘書長畢竟是立法院幕僚身份，「過去卻一再被柯大總召斥駡，現在民進黨還要特別對他修理？真的嗎？這到底算什麼章法？」
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