此外，第一工廠在全面運行時每日排水量約為5000立方公尺。這些排水在排入熊本市北部的熊本北部淨化中心之前，會由8種線上感測器監控水質。工廠設立了比法律規定更為嚴格的自有標準，一旦超標，水會自動返回工廠內部系統進行處理。工廠每週還會根據國家標準，由外部第三方機構進行排水水質檢測。對於健康影響已被指控的有機氟化合物（PFAS），工廠並未使用包含受管制的PFOS、PFOA、PFHxS等化學物質。雖然有三種PFAS含於光阻劑等物質中，但在儲存、運輸、使用和廢棄等各階段都進行嚴密管理，最終作為事業廢棄物交由外部業者處理。
負責台積電日本子公司JASM水處理的經理黃冠諭表示，他們細分水處理流程，讓再利用更方便。台灣的台積電工廠平均每滴水可使用3.5次，在熊本我們目標是4次。工廠還監控地下水水位，若發現異常，會自動停泵以避免過量抽取。黃經理強調，會充分利用台灣工廠的水處理技術，珍惜熊本的地下水資源。
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