攸關我國建軍史上最大筆預算的「潛艦國造－第三階段後續艦籌建」2840億元，首年編列近20億預算，不過外界質疑國防部是想「頭過身就過」，也引發立法院朝野攻防，目前部分藍委提案刪除，徐巧芯則是提案砍到剩2億，並稱這是海軍溝通後所說的，對此，海軍司令部回應，有兩個款項，作業費及裝備生效款約2億，跟船廠簽約大概17億，會持續跟各委員溝通盼得到支持。
國防部114年度預算計畫編列4760億元，若加計特別預算與基金，達到創歷年新高的6470億元。其中，明年度國防預算中，「潛艦國造第三階段後續艦籌建」計畫，總金額2840億8080萬元，計畫期程為2025年至2038年，共計14年，在首年度經費編列19億9600萬5000元。不過對於明年潛艦後續艦近20億的預算，國民黨立委馬文君、黃仁連署提案刪除，徐巧芯則是提案減列17億9600萬5000元，讓全案只剩2億元。
徐巧芯先前表示，她已與國防部溝通過，「明年其實只會用到2億」。她支持潛艦第三階段後續先編列兩艘連續性預算，留下2億做為第二艘潛艦之前期簽約之所需款項，為避免潛艦國造進度停擺影響我國國防量能，提案減列17億9600萬5000元。
對於徐巧芯說法，海軍參謀長邱俊榮中將回應，因為114年度整體的預算，海軍編列了20億元當作合約生效款，這部分是為了讓計畫推動所需的一個作業，所以大概有2個的款項，一個是計畫推動所需的作業費，跟裝備的生效款，這些大概逾2億元；另外就是船廠的簽約，大概有逾17億元，2個加起來大概20億。
邱俊榮說，目前都是要通過明年測評之後，才會開始實施動支，以上這兩項的20億元的部分，海軍會持續跟各委員做溝通，能夠懇請這兩項20億元都能夠獲得支持。
