台大領導課程登山募款風波不斷，台大校方曾表示因經費被砍，導致師生需要募款，連帶使頂大計劃的經費使用遭質疑。對此教育部表示，目前在研擬「後頂大」計劃分配，預計年底完成推出。
台大登山募款活動引發爭議，頂大計劃經費補助遭受與論批評，教育部高等教育司長黃雯玲表示，頂大經費來自一定的查核機制，與教學直接相關就可以用，但學校在編列預算時，不會如此細項分類。近年來，頂大計劃鼓勵大學將經費用於教學，不再著重於研究，但黃文玲解釋，大學是「教研一體」，因此在經費的分配上難以區分，不過只要用於課程，就沒問題。
同時黃文玲說明，台大這幾天對於執行面已有檢討，對於課程怎麼安排，為學校自主，教育部會尊重台大與教師的作法。此計劃昨日在網站上發出道歉聲明，對此，宅神朱學恆在臉書表示，台大只推出學生道歉，卻看不到教師出來共同承擔，他認為，這稱不上領導課程。
教育部長吳思華表示，頂大計劃將於105年告一段路，目前研擬的「後頂大」計劃，他相信，每所學校都有其發展的策略與作法，以面對未來高教資源的挑戰。而針對登山募款此事，他則一再重申「相信台大人的智慧」。
