為改變過去兩岸以「密使」為溝通形式的檯面下作法，總統馬英九任內實現陸委會與國台辦首長互訪，建立兩岸官方常態化溝通機制，被視為兩岸關係正常化的重要進展。然而卻由於官方管道流於事務性，而高層管道未被妥善運用，導致兩岸溝通管道漸趨空洞化，導致我方錯失掌握對岸重大涉台政策的時機。
馬政府上任後積極推動兩岸互動，主張交流可以增強了解與互信。除了建立官方平台外，馬政府第一任國安會秘書長蘇起曾在2010年接受媒體專訪時透露，兩岸不但在李、扁執政時期有密使，馬政府也已「建立約20條溝通管道」，即使台海發生類似南韓天安艦意外，也能在第一時間處理。
蘇起的談話當時立即引來總統府澄清，強調唯一管道就是海基、海協兩會。然而據知情人士透露，蘇起所指的管道包括政府部門事務性聯繫機制，以及秘密溝通管道。
一名具兩岸專業背景的國安會諮詢委員也曾私下談及，外界常誤解政府不了解對岸，但其實幾年來雙方已建立充分互動關係，「桌上電話拿起來就能打到北京問事情」。
當然蘇起所說的「溝通管道」，及這名諮委所說的「桌上電話」，指的並不是國安會內管道。知情人士透露，「因為太過冒險」，國安會儘可能避免與對岸直接接觸；但核心國安幕僚不是過去曾有兩岸學術背景，就是曾有兩岸事務經驗，儘管在國安會職務上不便與對岸往來太多，卻能夠過雙方都信賴的第三方「相互通氣」。
在陸委會主委任內積極建立官方常態化溝通機制的王郁琦，拜數度與對口部門接觸之賜，也確實與對岸建立起溝通管道。事實上，王郁琦在剛卸任後曾私下透露，在時間較短但情況必須時，雙方確實可以直接溝通以「了解背景」。
然而此一管道在M503新航路一事上完全失效，在他回任國安會諮委之後，更未再發揮功能。官員透露，陸委會與國台辦的常態化機制係以局處層級為主，首長是否運用則「看個人」；王郁琦離開、夏立言上任後，局處層級雖仍持續溝通，但內容流於事務性質。
官員透露，局處層級溝通或許足以討論事務議題，但面對卡式台胞證一類具高度政治性的議題，可能就無法發揮功能；在馬政府任期的最後階段，兩岸溝通機制若無法有效運作，待新政府上任後勢必要「從頭來過」，難度不會太小。
