獨立總統參選人施明德妻子陳嘉君與台灣性別不明關懷團體15日舉行記者會要求，內政部應依據國際人權兩公約，立即廢除現行「必須先進行摘除生理器官手術，才能變更身分證性別」荒謬的行政命令，並反對以民調決定性別；內政部解釋，性別變更涉及個人身分的轉變，將影響人民權利義務及他人權益，未來將持續了解各界看法，並以法律規範。
台灣性別不明關懷協會策略長吳伊婷15日上午召開記者會說明，接獲民眾投訴，內政部委託民調公司進行「性別變更認定要件」的問卷調查，他認為，一個人的性別不能經由立法或民調決定，要求內政部立即廢除2008年所發布的「變更性別必須進行外科手術」行政命令。
對此，內政部15日下午也發布新聞稿解釋，有關性別變更不須摘除性器官的議題，對社會大眾有極大影響，為了廣泛蒐集各界意見，內政部已就跨性別者委請跨性別團體及各醫療院所進行問卷調查，另就一般民眾，委請專業民間公司辦理電話訪查。
台灣性別不明關懷協會表示，根據內政部現行身分證「性別代碼變更」規定，需先提出醫療機構所開的具已摘除女性性器官（或男性性器官）證明，才可以變更性別代碼。不過立法院早在2014年底通過立委的臨時提案，要求內政部立即廢除現行「必須先透過生理器官手術」的行政命令，但內政部卻遲未廢除該行政命令，甚至在今年5月、6月透過相關民調，來測試社會大眾的民意。
針對內政部這次的民調行為，陳嘉君批評，內政部是在藐視國會、違法亂紀！內政部為此說明，未來會針對訪查結果進行統計分析，以作為完善性別變更認定要件的規劃參考，並非以問卷表決的方式決定性別變更者權益。
勵馨社會福利事業基金會執行長紀惠容解釋，國際人權兩公約對性別認同明確認定就是基本人權，既是基本人權為何還要摘除器官？陳嘉君認為內政部現行的行政命令，公然違反馬總統所簽署的國際人權兩公約，強制要求國內至少上千位跨性別者要先摘除性器官、破壞泌尿系統後，才能在身分證上變更生理性別。陳嘉君指出，歐美許多先進國家，對於跨性別者要在身分證變更身分證的生理性別，只要提出申請即可。
台灣TG姊妹聯誼會召集人葉若瑛也在記者會上表示，自己出生時生理性別是男生，長大後喜歡女生的裝扮，上洗手間也是去女廁，可是如果只因為身分證字號要從1（男性代碼）改成2（女性代碼）還必須要花數十萬忍痛進行性別手術，十分不合理，葉若瑛認為，這根本不是重點。
內政部認為，性別變更涉及個人身分轉變，進而在法律上衍生不同權利義務規範，因此性別變更的認定要件，涉及限制人民權利義務，及影響社會共同生活的他人權益，例如宿舍管理、運動競賽、服兵役及出入廁所、游泳池、公共浴池等，所以，宜以法律定之，目前內政部也已擬訂「性別變更認定及登記程序的法制化原則草案」，後續將統整相關機關配套措施及參酌問卷調查結果，專案報請行政院核定，未來依核定內容辦理。
