近2成「高齡車」超過使用年限
台鐵長年虧損，同時也造成了列車採購與鐵路設備維運的困難，監察院調查報告指出，台鐵因應高鐵通車，轉型以中短程之捷運化運輸為主，並增加列車密度及提升行車速度，各項電力設備急需更新，提升系統容量，尤以基隆－竹南、彰化－台南、宜蘭線、山線等建置年代久遠，電力及號誌設備在高密度操作環境下，加速設備劣化使生命週期縮短，在台鐵員工逐年老化之下，相關系統之維修甚至出現人力斷層問題。
監察院報告指出，依據行政院「財務標準分類交通及運輸設備，最低使用年限」規定，鐵路車輛最低使用年限，鐵路客車與柴油電力機車為30年，截至2014年底，台鐵目前超過使用年限之車輛數高達842輛，占整體車輛數19.48%，其中525輛莒光、復興號平均車齡40年，早已全部超過使用年限，機車逾齡情形高達88.18%。
每年虧損27億，累計虧損破千億
台鐵近年即便運能提升，但由於票價長年以來未調整，目前每年虧損幅度仍在27億元左右，2015年決算報告之累積虧損為1064億元，加計當年度虧損與舊制勞退未提撥數55億元，待彌補虧損高達1142億元，財務缺口逐年擴大。
日前，交通部次長王國材在立法院備詢時表示，交通部針對台鐵的安全改善部分有2項計畫正在進行，一是「鐵路行車安全改善6年計畫」（2015-2020年），主要係針對平交道、危險路段、橋樑、邊坡的更新，另外，前瞻基礎建設「台鐵電務智慧化提升計畫」則是針對鐵路號誌、電訊、電力、中央行控中心部分進行改善。
因應日前普悠瑪翻車事件，交通部同時宣布了全台35處鐵路曲線半徑300到720公尺的彎道「截彎取直」改善計畫，其中北迴段截彎取直，預算大約300億元左右 ，花東電氣化436億元預算，則會用在10幾處截彎取直。至於老舊列車汰換部分，馬政府時代也通過「台鐵整體購置及汰換車輛計畫（104~113年）」計畫，總經費估計約997.3億元。
然而，這些分年執行的計畫，過去總因標案規模小、預算低，發生流標或僅1家投標的現象，今年520輛電聯車得標廠商韓商Rotem，早年參與「PP自強號」採購案，因為品質不佳，一度被台鐵列為拒絕往來戶。
推動「公司化」得要政府概括承受虧損
台鐵面臨嚴重財務問題，「公司化」推動過程，唯有政府概括承受台鐵上千億元累積虧損，才能浴火重生，然而，台鐵的財務改革從馬政府以降，始終無法推動，由於政府同樣面臨財政問題，對於台鐵財務改善，總是寄望於台鐵立體化建設所帶動的資產開發挹注。
根據行政院核定之台鐵償債計畫，行政院同意台鐵「有關鐵路立體化建設計畫資產開發淨效益，50%作為償債財源，50%挹注個案建設經費；非鐵路立體化資產開發淨效益，全數用於償債」，根據政府的規劃，台鐵的資產活化若能順利推動，2028年以前的償債效果可望達1747億元。
台鐵擁值錢土地，看得到吃不到
然而，台鐵償債計畫在執行上，卻如同天邊的彩虹，賀陳旦日前表示，「過去大家認為台鐵有很多財產，很多值錢的地，但所謂值錢的地，都只是帳面上看到的。這些鐵路用地、交通用地，如果不做變更都市計畫，看到的價值就是假的。」
台鐵寄望資產開發轉型，在很多個案上，面臨文化資產保存的兩難，以台北精華地段的台北機廠為例，台鐵方面原本寄望500億元的開發利益，民進黨執政後，已變更為「鐵道博物館」，500億元的開發利益，全數化為泡影。
