由於二戰進入尾聲，德國戰敗投降，大西洋方面的英美艦隊得以移防至太平洋，伊400型潛艦的攻擊目標遂從美國東岸的政經中心轉移到巴拿馬運河。但伊400型潛艦在1944年12月30日之後才陸續完工，等完成與艦載機「晴嵐」的共同訓練後，英美大部分的大西洋艦隊早已移轉至太平洋，日本海軍也喪失在太平洋地區的制空與制海權，最後根本沒有實際參戰日本便已投降，盟軍方面甚至一直不知道有這型潛艦的存在。
NHK曾針對伊400型潛艦製作專輯，指出美軍在接收該型潛艦時，對日軍竟有如此龐大的潛艦感到驚訝，而且一度考慮是否要讓伊400型潛艦在美軍服役。在對該型潛艦進行調查後，美軍最後決定將其擊沉，以免被蘇聯得知相關情報。其中伊400與伊401於1946年在夏威夷近海被當成靶艦擊沉，屬於伊400型3號艦、遲至1945年7月24日（日本8月15日投降）才完工的伊402，則在1946年4月於五島列島附近以相同的方式遭到擊沉，伊400型潛艦正式走入歷史。
伊401與伊400分別在2005與2013年被夏威夷大學的研究小組在夏威夷附近的海床發現，在得知唯一下落不明的伊402可能現身後，日本電視台的「真相報導バンキシャ！」節目也派出人員進行拍攝調查，結果確認最大的一艘沉船上確實有類似飛機彈射器的構造，這個長約120公尺的三段構造物上，也有類似收納戰鬥機的機庫，與伊402潛艦的特徵高度類似。日本海軍史專家勝目純也表示，如果確認沉船上真的有彈射器的裝置，那麼沉船就是伊402潛艦的可能性非常高。「真相報導バンキシャ！」的特別節目將在8月16日播出。
